《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表（A类）》主表（以下称本表）第三部分“应纳税额计算”，包括处理减免税、境外所得计算时的税收抵免、已缴税款的抵减等事项的填报问题，计算出企业本年度的实际应补退税款。以本表第25行“应纳税所得额”为基础，计算取得。
（1）第26行“税率”：填报税法规定的税率25%.对于采用低税率的企业，仍填写25%，其低于25%税率的减免税额作为税收优惠填入附表五。汇总纳税总分机构税率不一致的企业填写25%，其少于按25%计算的税款部分属于税收优惠，在附表五反映。主要原因：一是低税率的减免税属于税收优惠政策，将其放在减免税项目中更为合适，既给所有企业公平税率的感受，又让享受低税率的纳税人通过填写减免税项目反映这一数据；二是满足税务机关统计各类减免税额的业务需求。
（2）第27行“应纳所得税额”：本行金额=本表第25行×第26行。
（3）第28行“减免所得税额”：填列纳税人按税收规定实际减免的企业所得税额。包括小型微利企业、国家需要重点扶持的高新技术企业、享受减免税优惠过渡政策的企业、技术服务型企业、动漫产业企业等，其实际执行税率与法定税率的差额，以及经税务机关审批或备案的其他减免税额的优惠（税基优惠已作为纳税调减项目处理）。本行金额等于附表五《税收优惠明细表》第33行。
（4）第29行“抵免所得税额”：填列纳税人购置用于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备投资额（所购置专用设备必须符合有关目录要求），其设备投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免；当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免，对于递延以后年度结转抵免的部分，应登记台账管理；对于纳税人使用上述专用设备不足五年转让的，应追回所享受的抵扣税额，由购买者重新享受抵扣所得税政策。本行金额等于附表五《税收优惠明细表》第40行。
需要说明的是，一是根据《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税[2009]69号），对于承租方企业以融资租赁方式租入的、并在融资租赁合同中约定租赁期届满时租赁设备所有权转移给承租方企业，可以按规定享受抵免所得税政策；融资租赁期届满后租赁设备所有权未转移至承租方企业的，承租方企业应停止享受抵免企业所得税优惠，并补缴已经抵免的企业所得税税款。二是根据《国家税务总局关于停止执行企业购买国产设备投资抵免企业所得税政策问题的通知》（国税发[2008]52号），自2008年1月1日起，停止执行企业购买国产设备投资抵免企业所得税政策，为便于政策衔接，对于内资企业原技术改造2007年底前已采购国产设备和外资企业2007年底前已采购国产设备，在规定期限内未抵免完的税额，仍可以继续抵免完毕所发生的抵免税额，在本行填写。
（5）第30行“应纳税额”：填报纳税人年度境内所得的应纳所得税额，根据上述有关的行次计算填列。本行金额=本表第27行-第28行-第29行。
（6）第31行“境外所得应纳所得税额”：填报纳税人来源于中国境外的应纳税所得额（如所得为税后利润应还原计算为含税所得，附表六第3列还原），按税法规定税率计算的应纳所得税额（境外所得按中国税法计算对中国政府的纳税责任）。本行金额等于附表六《境外所得税抵免计算明细表》第10列合计数。
说明：需注意境外所得在本套申报表中的逻辑关系：一是主表“利润总额计算”部分，已经包括境外利润，如主表第9行“投资收益”中包括境外投资的收益（税后），附表一中实际包括来源于境外的特许权使用费收入、以及其他境外利润（税后），以此保证会计利润口径的完整性；二是在附表三《纳税调整项目明细表》的第12行第4列对境外所得进行了纳税调减，并统一反映在主表第15行，主表第25行“应纳税所得额”仅反映境内经营部分；三是纳税人境外所得部分全部在附表六《境外所得税抵免计算明细表》中进行处理，在附表六中计算境外所得应纳税额及境外抵免税额直接填报本表的本行及第32行。
（7）第32行“境外所得抵免所得税额”：填报纳税人来源于中国境外的所得，依照中国税法规定计算的，（A）在当年抵免限额内扣除的境外已纳所得税额以及（B）在限额内抵免以前五个年度内超出当年抵免限额未抵免完毕，而在本年有抵免限额情况下延续抵免以前年度未抵免的境外已缴纳税款。具体如下：
①企业已在境外缴纳的所得税额，小于抵免限额的，假定以前五个年度内不存在限额内未抵免完的境外已纳税额，则“境外所得抵免所得税额”原则上按照其在境外实际缴纳的企业所得税额填列。
如果存在以前五个年度内在限额内未抵免完的境外已缴税款，当“以前五年内境外已缴税款未抵免的余额”≤（当年抵免限额-当年境外实际已缴税额之差）时，则此行填写“当年境外实际已缴税额+以前五年内境外已缴税款未抵免的余额”； 当“以前五年内境外已缴税款未抵免的余额”>（当年抵免限额－当年境外实际已缴税额之差）时，则此行填写本年度计算的抵免限额，未抵免的部分留待以后五年内继续抵免。
②大于抵免限额的，按抵免限额填列，超过抵免限额的部分，可以在以后五个年度内，用当年抵免限额抵免当年应抵免税额后的余额进行补抵。
可用境外所得弥补境内亏损的纳税人，其境外所得应纳税额公式中“境外应纳税所得额”项目和境外所得税税款扣除限额公式中“来源于某外国的所得”项目，为境外所得，不含弥补境内亏损部分，即不再将其用于抵免其他境外所得对应的税额，但其在境外已缴税款仍可填列在附表六11列参加抵免。具体参见附表六《境外所得税抵免计算明细表》。
（8）第33行“实际应纳所得税额”：填报纳税人剔除减免税、境外税收抵免等因素后本年度的实际应纳所得税额。本行金额=第30行+第31行-第32行。
（9）第34行“本年累计实际已预缴的所得税额”：填报纳税人按照税收规定本年度月份（季度）已累计预缴的所得税额。
此行包括以下内容：一是本企业当年实际预缴税款，注意不要混淆本表41行、42行数额（不属于本年度应纳税额）。二是汇总纳税的总分机构和合并纳税的母子公司分别在异地预缴税款；为便于税源管理和与上述企业分支机构预缴税款的信息相比对，本表第35行至第39行分别列示总分机构和母子公司在季度预缴税款的情况，不参与本表计算。
（10）第35行“其中：汇总纳税的总机构分摊预缴的税额”：填报汇总纳税的总机构1至12月份（或1至4季度）分摊的在当地入库预缴税额。需附报《中华人民共和国汇总纳税分支机构分配表》。
（11）第36行“其中：汇总纳税的总机构财政调库预缴的税额”：填报汇总纳税的总机构1至12月份（或1至4季度）分摊的缴入财政调节账户的预缴税额。需附报《中华人民共和国汇总纳税分支机构分配表》。
（12）第37行“其中：汇总纳税的总机构所属分支机构分摊的预缴税额”：填报汇总纳税企业的二级分支机构就地分摊预缴的税额。附报《中华人民共和国汇总纳税分支机构分配表》。
（13）第38行“合并纳税（母子体制）成员企业就地预缴比例”：填报经国务院批准的实行合并纳税（母子体制）的成员企业按规定就地预缴的比例。
说明：根据《关于试点企业集团缴纳企业所得税有关问题的通知》（财税[2008]119号）规定，106家大型试点企业集团自2009年起取消合并纳税政策，就地纳税。
（14）第39行“合并纳税企业就地预缴的所得税额”：填报合并纳税的成员企业实际就地预缴的所得税额“。
（15）第40行“本年应补（退）的所得税额”：填报纳税人当期应补（退）的所得税额。本行金额=第33行-第34行。