稽查局查处税收违法案件时，实行选案、检查、审理、执行四个环节分工制约的原则。稽查局设立选案、检查、审理、执行部门，分别实施选案、检查、审理、执行工作。稽查流程主要有以下几个方面：
（一）选案环节
税务稽查选案亦称税务稽查对象的确定，是指按照一定的方式、方法和要求，对纳税人各项信息数据进行采集、分析、筛选，最终为税务稽查的实施确定具体检查对象的过程。涉税案件主要来源于检举、上级交办、各级转办、协查拓展、检查拓展、情报交换和采集的综合信息。
（二）检查环节
1.实施检查
征的一方认为属于无偿赠送，如果做折扣的话应在同一张发票上注明，否则该折扣不能减。不征的一方认为不属于无偿赠送。例如，四川省国家税务局关于印发《增值税若干政策问题解答[之一]》的通知川国税函[2008]155号 ："买一赠一"是目前商业零售企业普遍采用的一种促销方式，其行为性质属于降价销售，应按照实际取得的销售收入计算缴纳增值税。
2.收集证据
在检查环节最重要的是收集、固定证据，证据不充分，案件的处理就有风险。稽查证据主要有：物证、书证、视听资料、证人证言、当事人陈述、鉴定结论、现场笔录等。
（1）稽查人员收集证据的方法有：
①提供法。责成纳税人提供有关资料。
②换取法。凡需要索取与案件有关的资料原件的，可以用统一的换票证换取发票原件或用提取证据专用收据提取有关资料原件。
③复制法。不能取得原件的，可以录音、录象、影印或复制、复印。在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经税务机关负责人批准，可以先行登记保存，并应当在规定期限内及时作出处理决定，在此期间当事人或者有关人员不得销毁或者转移证据。
④记录法。到现场观察并将观察到的情况制作书面记录，稽查人、企业在场人及其他当事人签名盖章后作为证据。
⑤询问法。落实征税问题。
⑥调查法。以调查取证有两种情况，一是派人到外单位调查；二是函调，即发函到外地单位调查取证，异地协查回函及所附票据、文书复印件，也应视同取得证。
对通过调查取得和协查取得的证据，可以不需要纳税人签字认可。
⑦勘察鉴定。如查加油站偷税问题与技术监督部门配合，解决加油机进出油的数量、金额及解决加油罐溶剂容量问题。
查办案件人员常使用《税务稽查底稿》，检查人员将纳税人的××违法事实如实地填写在该底稿上，只要纳税人核对无误后，并在签署意见处或涂改处盖其行政公章（押印），且签署数字准确、确定问题正确、违反了税收法律法规的规定等意见，应该说是证明其违法事实的证据；凡是纳税人对稽查认定的问题持较大异议，作出处理决定后申请复议而又不可变更处理决定，可能会引起诉讼的，应及时在税务机关补充取证的有效期内深入取证；
（2）证据的形式和收集程序必须符合法律规定：
一是程序要合法。
①收集工作必须由二名（含）以上具有税务行政执法资格的人员进行；
②收集工作必须在下达《税务检查通知书》（含协查专用）之后、《税务处理决定书》之前依法定程序、权限进行；如税务机关没有正式下达《税务检查通知书》之前，在当事人不知情的情况下，取证税务机关无此权力。在作出税务处理决定或税务行政处罚决定以后收取的证据，不符合《行政诉讼法》若干问题的规定
③收集证据时，可以记录、录音、录像、照相和复制，不得对纳税人或证人引供、诱供和逼供
合法性是针对证据取得的规程而言的，只有按照税法及有关法律、法规的规定收集的证据，才具有法律效力。凡是以威胁、利诱、逼供、诱供、欺骗等手段收集的材料，都不具有证据效力。
二是收集的证据本身要符合法律要求，能经得起复议或法庭审查。例如取得的证明材料加盖单位公章，而不能是单位内设部门的章。
（3）下列证据不能作为定案依据：
①严重违反法定程序收集的证据；
②以偷拍、偷录、窃听等手段获取侵害他人合法权益的证据；
③以利诱、欺诈、胁迫、暴力等不正当手段获取的证据；
④非法剥夺当事人依法享有的陈述、申辩或者听证权利所取得的证据；
⑤复制件或者复制品未经原件、原物保存单位和个人签章认可，又无其他证据印证的证据；
⑥经过技术处理而无法辨别真伪的证据；
3.结束检查
检查结束前，检查人员可以将发现的税收违法事实和依据告知被查对象；必要时，可以向被查对象发出《税务事项通知书》，要求其在限期内书面说明，并提供有关资料；被查对象口头说明的，检查人员应当制作笔录，由当事人签章。检查结束时，应当根据《税务稽查工作底稿》及有关资料，制作《税务稽查报告》，由检查部门负责人审核。
经检查没有发现税收违法事实的，应当在《税务稽查报告》中说明检查内容、过程、事实情况。
（三）审理环节
稽查审理是税务局稽查局的审理部门按照规定的职责和程序，对稽查终结的涉税案件依法进行审核和作出处理决定的过程。
1.稽查审理方式
在具体实践中，稽查审理方式根据案件的具体情况通常分为三个层次：
（1）对一般性案件由稽查局内设的审理部门指定专人进行审理，制作《稽查审理报告》，报稽查局长审定。
（2）对案情复杂的即审理部门与检查部门对事实认定及定性问题存在意见分歧的案件，由审理部门提请稽查局集体审定。
（3）对重大案件由稽查局提请所属税务局案件审理委员会审定。
三级审理制度，可以较好地减少涉税案件的错误。
2.审理内容
实施审理时，审理人员应当认真审阅《税务稽查报告》及所有与案件有关的案卷资料，审理人员应当着重审核以下内容：
（1）被查对象是否准确。对稽查对象主体是否准确，主要审查《税务稽查任务通知书》、《税务检查通知书》、《税务稽查报告》等税务稽查文书中稽查对象的名称是否与实际名称完全一致。
（2）税收违法事实是否清楚、证据是否充分、数据是否准确、资料是否齐全；
①事实清楚是指《税务稽查报告》所认定的涉税事实必须真实、具体、准确，即认定涉税案件的法律事实清楚。法律事实清楚是指按照法定的程序、标准，运用逻辑推理、自然法则和经验法则对各类证据的有效性及主要税收违法事实发生的时间、地点、情节、后果、责任、原因等逐一予以确认，然后以有效的证据判定案件的事实（即法律事实），保证审理确认的涉案事实清楚。
②证据充分是指证据要符合证据的三个特性，即证据的关联性、合法性、真实性，只有同时符合这三个要求的证据才足以支持所证明事实的存在。因此，稽查审理时要认真审核证据与事实之间、证据与证据之间的逻辑关系，确保，使证据确凿充分。
③数据准确不仅是指应补缴税款金额的计算准确，还需要对其计税依据的来源合法，手续是否完备，分类是否准确，是否符合相关税种征税范围，适用税率的取得等方面是否准确进行审查。
④资料齐全是指移交的资料税务文书、证据材料及其他材料三类资料齐全。与案件有关的所有资料都要完整齐全，合法有效。
（3）适用法律、行政法规、规章及其他规范性文件是否适当，定性是否正确；
审查适用法律法规主要包括：一是适用的法律法规是否完整引用；二是引用的法律法规是否正确；三是是否规范引用法律法规，是否列明法律法规的名称和相关的条款；四是法律法规的位阶引用是否符合要求等。
定性是否正确是指依据相关的法律规定违法行为的特征和条件来对当事人的税收行为是否属于税收违法行为进行判断，如属于则需要对其违法行为造成的后果和影响进行评判，为进行税务处理和处罚奠定基础。
（4）是否符合法定程序。
①程序的合法性
在审理时，首先要审查确定税务稽查对象的程序是否合法，是否按照稽查选案的原则和筛选方法取得被查对象；其次要审查稽查实施环节是否符合规定程序，各要件是否有效、完备。如在开始稽查时是否两人以上并同时出示税务检查证和《税务检查通知书》。通过审查，判断稽查程序是否合法。
②手续的完整性
审查法定手续，是要审查稽查实施过程中应办理的相关手续是否符合规定和要求。如在调取以前年度的账簿及有关资料手续是否完整时，首先要审查其行为是否有所属税务局局长批准手续，即在《税务行政执法审批表》上的由局长签署批准的同意的意见。其次，审查在是否履行调取账簿资料的调账手续，即在对送达《调取账簿资料通知书》的同时对《调取账簿资料清单》上注明调取资料的名称、数量和调取日期核对无误后由稽查局和被查对象对分别签字盖章的手续。最后审查退还资料的手续，即在对调账资料名称、数量和退还时间核对无误后，在原《调取账簿资料清单》上由稽查局和被查对象分别签字盖章的的资料退还手续。通过上述审查，判断稽查调账的手续是否完整。
③程序的时效性
审查程序的时效性，主要是审查稽查实施过程中是否按照法定时限完成相关的事项。行政法律法规对行政程序的时限都有明确的规定。如在稽查中提取的各种证据资料的日期必须在送达《税务检查通知书》并取得送达回证日期之后，做出《税务稽查报告》日期之前才具有法律效力。应通过稽查审理，确保税务稽查实施符合法定程序。
（5）是否超越或者滥用职权。
滥用职权是指稽查人员违反法律规定的权限和程序，超越职权，违法决定、处理其无权决定、处理的涉税事项。滥用职权的表现不仅包括过度运用职务范围内的权力即超越职权，还包括不认真履行职务范围内的权力。稽查规程中规定审查超越或者滥用职权实际在意思上是重复的，应该改为“是否滥用职权”即可。
①超越职权是指稽查人员在检查时行使了超越《税收征管法》及其细则的相关规定税务稽查权力的检查行为。如在检查人员对车站运输的纳税人托运的货物实施开箱检查，而不是严格遵守行使查证权仅限于在车站对托运商品单据的检查，这就是超越职权执法。
②不认真履行职务范围内的权力是指稽查人员在检查时不认真负责，对当事人的税收违法行为稽查不认真，或当事人存在逃避纳税义务且有明显转移财产的现象时不及时采取税收保全措施等法律赋予稽查人员的权力，都属于滥用职权。
（6）税务处理、处罚建议是否适当；
拟定的处理、处罚建议是否得当，主要是审查稽查人员提供的《税务稽查报告》对案件的定性是否准确，提出的处理处罚建议是否恰当。案件定性即认定稽查对象涉税事实的性质，是处理案件的关键。对不同性质的涉税问题，有不同的处理规定。只有定性准确，处理才能得当。
认定涉税案件性质的依据主要包括：法律事实；有关的税收法律法规等。
第六十三条纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第六十四条纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。
纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。