在商誉会计理论问题中，讨论最为激烈持续时间最为长久的是商誉确认的问题。由于确认是计量、记录、告的前提与基础，有关商誉会计处理的很多问题是由确认问题引起的。因此，商誉的确认是极其重要的。
首先是自创商誉的确认。在自创商誉的确认问题上，目前会计实务界还没有应用，就是理论界也很少有支持者。虽然大多数人承认自创商誉的存在，但各国会计准则都没有明确的规定。国际会计准则委员会所发布的IAS22和我国的《具体会计准则》，均明确规定只有出现合并商誉时才作为一项资产入账，这就限定了商誉确认的时间只能是在一个企业购买或合并另一企业时。英国的标准会计惯例公告《商誉会计》指出：合并商誉与自创商誉的特性没有差别，然而由于特定时间上发生的市场交易这个事实，尽管对企业的计价是主观的，合并商誉的价值可以被确定，而自创商誉是不可能的。这不仅反映了英国会计界对商誉的看法，而且也反映了会计界对商誉会计处理的一般态度：对合并商誉进行确认和计量；而自创商誉由于各种原因，不进行确认和计量。
其次是合并商誉的确认。合并商誉产生于企业合并，国外一些成功的企业合并表明，合并商誉占收购价格比重越来越大，因此应正确地确认合并商誉，否则将有悖于被并购方会计信息的真实性、完整性。
合并商誉的确认，依据不同的合并方式将产生不同的确认问题。一方面是同一控制下的企业合并中商誉的确认问题。同一控制下的企业合并，是指在一方或多方控制的情况下，一个企业获得另一个或多个企业的股权或净资产的行为。其主要特征是参与合并的各方，在合并前后均受同一方或相同的多方控制，并且不是暂时性的。对于这种情况我国新会计准则规定：合并方在企业合并中取得的资产和负债，应当按照合并日被合并方的账面价值计量；合并方取得的净资产账面价值与支付的合并价款的差额，应当调整资本公积；资本公积不足冲减的，调整留存收益。可见在这种合并方式下是不确认合并商誉的。另一方面是非同一控制下的企业合并中商誉的确认问题。非同一控制下的企业合并，指不存在一方或多方控制的情况卞，一个企业购买另一个或多个企业入股权或净资产的行为。其主要特征是参与合并的各方，在合并前后均不属于同一方或多方最终控制。在非同一控制下的企业合并中采用的是购买法，即实施合并的企业以现金或其它非现金资产作为合并支付代价，购买被合并企业的净资产而实现企业合并的会计处理方法。在购买法下，实施合并的企业在合并日，将购买的被合并企业的可辨认净资产的公允价值记入实施合并企业的资产和负债，合并成本超过被合并企业可辨认净资产公允价值的差额作为合并商誉。