高新技术企业认定的程序如下：
（一）企业自我评价及申请
企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，对照本办法第十条规定条件，进行自我评价。认为符合认定条件的，企业可向认定机构提出认定申请。
（二）提交下列申请材料
1. 高新技术企业认定申请书；
2. 企业营业执照副本、税务登记证（复印件）；
3. 知识产权证书（独占许可合同），新产品或新技术证明（查新）材料、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料；
4. 企业职工人数、学历结构以及研发人员占企业职工的比例说明；
5. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表（实际年限不足三年的按实际经营年限），并附研究开发活动说明材料；
6. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）以及技术性收入的情况表。
（三）合规性审查
认定机构应建立高新技术企业认定评审专家库;依据企业的申请材料，抽取专家库内专家对申报企业进行审查，提出认定意见。
（四）认定、公示与备案
认定机构对企业进行认定。经认定的高新技术企业在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日，没有异议的，报送领导小组办公室备案，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”。
第十二条 高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为三年。企业应在期满前三个月内提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。
第十三条 高新技术企业复审须提交近三年开展研究开发等技术创新活动的报告。
复审时应重点审查第十条(四)款，对符合条件的，按照第十一条（四）款进行公示与备案。
通过复审的高新技术企业资格有效期为三年。期满后，企业再次提出认定申请的，按本办法第十一条的规定办理。
第十四条 高新技术企业经营业务、生产技术活动等发生重大变化（如并购、重组、转业等）的，应在十五日内向认定管理机构报告；变化后不符合本办法规定条件的，应自当年起终止其高新技术企业资格;需要申请高新技术企业认定的，按本办法第十一条的规定办理。
高新技术企业更名的，由认定机构确认并经公示、备案后重新核发认定证书，编号与有效期不变。