《增值税暂行条例》第六条及《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定，增值税的应税销售额为纳税人销售货物或应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。其中，价外费用包括在价外向购买方收取的代垫款项、运输装卸费等，但不包括同时符合承运部门的运输费用发票开具给购买方、纳税人将该项发票转交给购买方这两个条件的代垫运输费用。
但是，由于购销双方对税务处理的认识并不统一，因此企业在日常生产经营活动中，经常会遇到用预收账款支付运费的情况。那么，用预收账款支付运费是否应缴纳增值税呢?
●如果承运主体是销售方非单独核算的运输车辆，则属于《增值税暂行条例实施细则》第五条规定的混合销售行为，从事货物的生产、批发或者零售的企业、企业性单位以及个体工商户，应该就收取的运费（含税金额等于支付运费金额，下同）并入销售额缴纳增值税。其他单位和个人收取的运费，视为销售非增值税应税劳务，不缴纳增值税。
例：某原煤生产企业2011年1月份销售原煤2000吨，每吨售价500元（不含税价），收取价款1000000元，用本企业未单独核算的运输车辆运送，每吨收取运费25元（含税），共收取运输费用50000元，发生增值税进项税额75000元，货款和运费收入均来自于购买方提前预付账款。该企业应缴纳的增值税为[1000000+50000÷(1+17%)]×17%-75000=102264.96（元）。
●如果承运主体是销售方独立核算的运输车辆，则收取的运费属于兼营非增值税应税劳务。根据《增值税暂行条例实施细则》第七条规定：“纳税人兼营非增值税应税项目的，应分别核算货物或者应税劳务的销售额和非增值税应税项目的营业额;未分别核算的，由主管税务机关核定货物或者应税劳务的销售额。”因此，在这种情况下，纳税人收取的运费应该缴纳营业税。
例：某铁精粉生产企业2011年5月份销售含铁量52%的铁精粉700吨，每吨售价500元（不含税价），收取价款350000元，用本企业独立核算的运输车辆运送，每吨收取运费30元，共收取运输费用21000元，发生增值税进项税额21000元，货款和运费收入均来自于购买方提前预付账款，则该企业应缴纳的增值税为350000×17%-21000=38500（元）。
假如该企业在销售铁精粉的过程中，未分别核算销售铁精粉和收取运输费用金额，则应由国税、地税两个主管税务机关分别依据《增值税暂行条例实施细则》第七条和《营业税暂行条例实施细则》第八条规定，核定销售铁精粉和收取运输费用金额，销售铁精粉金额缴纳增值税，收取运输费用金额缴纳营业税。