第一，要审查应取得发票的事项是否都取得了发票。《进一步加强税收征管若干具体措施》（国税发[2009]114号）第六条规定，加强企业所得税税前扣除项目管理，未按规定取得合法有效凭据不得在税前扣除。发票管理办法第二十条规定，所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。应取得发票的对象是指所有单位和从事生产、经营活动的个人，应取得发票的事项是指购买商品、接受服务以及其他经营活动。一般情况下，只要是涉及货物与劳务税的业务都应当取得发票，也就是说，一笔业务如果对方要缴纳增值税或营业税，就应当从对方取得发票（自己开具农副产品收购凭证的除外）。比如，企业支付给本企业员工的工资、薪金，对方不用缴纳增值税或营业税，也就不用取得发票，只以工资表和相应的付款单据等作为税前扣除凭证。而企业发生劳务派遣人员工资、薪金时，对方要缴纳营业税，就应以劳务公司开具的发票、企业与劳务公司签订的用工合同等作为税前扣除凭证。
第二，要注重实质性审查。企业并非取得了发票就能税前扣除，发票所记载的经济业务必须是真实发生的才能扣除。因此，纳税人要对发票作实质性审查，审查发票是否与实际经济业务相符，销售方使用的是否是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的发票，开票方是否与收款方一致，销售方名称、印章、货物名称、数量、金额及税额等是否与实际相符等等，如果不相符，那就是虚开的发票或非法代开的发票。纳税人取得虚开、非法代开的发票既不能用于增值税进项抵扣，也不能作为所得税税前扣除凭证。
特别提示，按发票管理办法的规定，纳税人“让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票”是虚开发票的行为，比如说要求商家将烟酒开成办公用品等，将受到重罚，甚至被追究刑事责任。当然，如果是善意取得虚开的发票，按规定可不受处罚，但所取得的发票也不能作为合法有效的税前扣除凭证。
第三，要审查发票的真伪和有效性。对增值税专用发票要重点审查是否是虚开的发票，发票的真伪可提请税务机关进行鉴定。对普通发票首先要审查是不是新版发票，自2011年1月1日起，全国统一使用新版普通发票，各地废止的旧版普通发票停止使用。从名称上看，普通发票简并票种换版后，分为通用机打发票、通用手工发票和通用定额发票三大类。发票名称为“××省××税务局通用机打发票”、“××省××税务局通用手工发票”、“××省××税务局通用定额发票”。从2011年1月1日起，已没有“货物销售发票”、“修理修配发票”了，这些都是作废的发票或假发票。从发票代码上区别，根据普通发票代码的编制规则，第六至第七位，代表的是年份标志，凡这两位数是小于“10”的都是旧版发票，也就是作废发票。当前只有这两位数是“10”、“11”或“12”的才是新版发票，才可作为合法有效的凭证在税前扣除（注意：各省对部分企业的旧版冠名发票可能有延长使用期限的规定，请按文件规定执行）。从发票的票面限额来看，现在手工发票只有千元版和百元版两种，万元版及以上的发票都要由机具开具。其次要审查发票是不是私自印制、伪造、变造、非法取得的发票，比如说从票贩子手中购买的发票就是假发票或者非法取得的发票。实际工作中，纳税人可通过发票本身含有的物理防伪措施鉴别，也可上网查询、电话查询或者向税务部门申请鉴定发票的真伪。
第四，要进行票面审查。一要审查发票的抬头是否空白，是否为个人或者其他单位，是否填写了企业名称全称。《国家税务总局关于进一步加强普通发票管理工作的通知》（国税发[2008]80号）第八条第二款规定，在日常检查中发现纳税人使用不符合规定发票特别是没有填开付款方全称的发票，不得允许纳税人用于税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销；二要审查发票的日期是否属于以前年度，是否有报销时间限制；三要审查发票的业务内容是否与本单位相关；四要审查票据是否有白条或者收据；五要审查发票上加盖的是不是“发票专用章”，从2011年2月1日起，如果发票上加盖财务专用章或行政公章都是无效票，而且旧的发票专用章只能用到2011年底，从2012年1月1日起，全部启用新的发票专用章，发票上只有加盖新发票专用章的才是有效票。
第五，要审查其他凭据是否充分。取得符合规定的发票是税前扣除的必要条件，但不是充分条件，发票只是凭证之一，为证明经济业务往来的真实性，往往还应当具有合同、协议、章程等，因此纳税人在平时就要注意收集整理相关资料，以存备查，防范风险。比如，企业大额采购支出，就要提供相关的合同、付款凭证等资料，与发票相比较、分析，确保支出的真实性；会议费的支出，除了发票，还要有会务安排计划，与会务主办方签订的合同，会务费明细、付款凭证等；差旅费支出，交通费和住宿费以发票为税前扣除凭证，差旅补助支出要提供出差人员姓名、出差地点、时间和任务等内容的证明材料；取得境外发票的，根据发票管理办法的规定，税务机关在纳税审查时有疑义的，可以要求其提供境外公证机构或者注册会计师的确认证明，经税务机关审核认可后，方可作为记账核算的凭证。
最后提醒纳税人，发票的取得时限有新规定，《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）规定，自2011年7月1日起，企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可以暂按账面发生金额进行核算；但是在汇算清缴时，应当补充提供该成本、费用的有效凭证。