根据财税[2012]15号文规定，自2011年12月1日起，增值税纳税人初次购买增值税税控系统专用设备支付的费用，以及缴纳的技术维护费（以下简称二项费用），可在增值税应纳税额中全额抵减（抵扣额为价税合计额），相关进项税已经认证抵扣的，应当转出。
此文的发布执行，对广大纳税人来说是一个利好的消息，但企业在进行账务处理、企业所得税处理时会有困惑，本文说明具体处理方法。
一、账务处理
根据财税[2012]15 号的相关规定，企业发生的二项费用是在增值税应纳税额中抵减，而不是完全作为进项税抵减。企业在进行增值税申报时，二项费用也是在“本期应纳税额减征额” 一栏中填列。由此可见，二项费用抵减增值税是一项减免税政策。对于减免税额，根据财会[2012]13号文的规定，一般纳税人应在“应交税费——应交增值税”科目下增设“减免税款”专栏，用于核算按规定抵减的增值税应纳税额。具体的账务处理如下：
1、一般纳税人
1）购入专用设备时，
借：固定资产（价税合计额）
贷：银行存款/库存现金/应付账款
2）抵减增值税应纳税额时，
借：应交税费—应交增值税（减免税款）
贷：递延收益
3）计提折旧时，
借：管理费用
贷：累计折旧
同时，
借：递延收益
贷：管理费用
4）支付技术维护费时，
借：管理费用
贷：银行存款/现金
抵减增值税税额，
借：应交税费——应交增值税（减免税款）
贷：管理费用
2、小规模纳税人
1）购入专用设备时，
借：固定资产（价税合计额）
贷：银行存款/库存现金/应付账款
2）抵减增值税应纳税额时，
借：应交税费——应交增值税
贷：递延收益
3）计提折旧时，
借：管理费用
贷：累计折旧
同时，
借：递延收益
贷：管理费用
4）支付技术维护费时，
借：管理费用
贷：银行存款/现金
抵减增值税税额，
借：应交税费——应交增值税
贷：管理费用
二项费用抵减的增值税税额的会计核算跟政府补助有差异，政府补助是通过“营业外收入”核算，收支两条线，而二项费用是直接冲减费用。
二、企业所得税处理
1、二项费用属于财政性资金
根据财税[2008]151号文第一条第三款规定，财政性资金，是指企业取得的来源于政府及其有关部门的财政补助、补贴、贷款贴息，以及其他各类财政专项资金，包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退、先征后返的各种税收。
2、二项费用是否作为不征税收入的考虑
根据财税[2008]151 号文第一条第二款规定，企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金，准予作为不征税收入。不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
二项费用抵减的增值税税额直接冲减费用，如果在同一纳税年度抵减完毕，是否作为不征税收入没有区别；如果跨年度，是否作为不征税收入对应纳税所得额会有影响，但由于二项费用本身金额比较小，影响也很小，如果是小型微利企业，可能影响判断标准和适用税率。