（一）概念不同
“账外账”是指违反《中华人民共和国会计法》和国家有关规定，在法定会计账册之外设立的账册。
“小金库”是指违反国家财经法规及其它有关规定，侵占、截留国家和单位收入，未列入本单位财务会计部门账内或未纳入预算管理、私存私放的各项资金。
（二）表现形式不同
“账外账”的具体表现形式不尽相同，就其资金来源而言，既包括属于本单位的正当收入、收益，又包括违规收入，如截留应当上缴财政的收入、虚列支出套取财政资金、“三乱”行为获取的收入等；在资金的处置上，既存在支出合理的情况，又存在乱支滥补、私存私放的问题。
“小金库”只是“账外账”的一种表现形式，具体表现为：
1. 化公为私，未列入本单位财务部门收支、私存私放的资金（不含党费、团费、工会经费、互助金等）；
2.虽已入单位会计账，但只是挂在“暂存”账上，或跨年度没有正式列收列支、或将支出直接冲减“暂存”的款项；
3. 既不纳入预算内管理，又不纳入预算外管理的资金；
4. 将预算内收入转为预算外收入，或将财政性资金作为单位资金存放，不交财政专户储存；
5. 通过虚列支出、假报账、资金返还等形式将资金转到本单位财务会计部门账外；
6. 执收、执罚单位将收取的行政事业性收费、罚没收入不上交，自立账户存放。
（三）定性依据不同
1.“账外账”的定性依据
根据《中华人民共和国会计法》第十六条规定：各单位发生的各项经济业务事项应当在依法设置的会计账簿上统一登记、核算，不得违反本法和国家统一的会计制度的规定私设会计账簿登记、核算。
2.“小金库”的定性依据
对“小金库”权威的定性依据通常有两个，一是《国务院办公厅转发财政部、审计署、中国人民银行关于清理检查“小金库”意见的通知》（国办发 [1995]29号）第一条和《财政部、审计署、中国人民银行关于清理检查“小金库”的具体规定的通知》（财监字[1995]29号）第二条：凡违反国家财经法规及其他有关规定，侵占、截留国家和单位收入，未列入单位财务会计部门账内或未纳入预算管理，私存私放的各项资金，均属“小金库”。二是《国务院关于加强预算外资金管理的决定》（国发[1996]29号）第一条规定：各部门、各单位未经财政部门批准，不得擅自将财政拨款转为有偿使用，更不得设置“账外账”和“小金库”。
（四）处理处罚依据不同
从国家现行财经法律法规看，是把 “小金库”作为一种严重的经济违纪违规行为来对待的。对“小金库”的处罚比“账外账”的处罚要重得多，所以我们运用处理处罚依据时一定要坚持谨慎性原则，注意二者在适用处理处罚依据方面的区别。
1.“账外账”的处理处罚依据
对“账外账”的处理处罚适用《会计法》第四十二条：违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府财政部门责令限期改正，可以对单位并处三千元以上五万元以下的罚款；对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可以处二千元以上二万元以下的罚款；属于国家工作人员的，还应当由其所在单位或者有关单位依法给予行政处分：（一）不依法设置会计帐簿的；（二）私设会计帐簿的；……。有前款所列行为之一，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
2.“小金库”的处理处罚依据
对“小金库”的处理处罚，可以分别适用以下法规。
（1）税收征收机关及工作人员对按规定征收的税收收入款项不按国家规定及时上缴国库，设置“小金库”的，适用《财政违法行为的处罚处分条例》第四条：财政收入执收单位及其工作人员有下列违反国家财政收入上缴规定的行为之一的，责令改正，调整有关会计账目，收缴应当上缴的财政收入，限期退还违法所得。对单位给予警告或者通报批评。对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记大过处分；情节较重的，给予降级或者撤职处分；情节严重的，给予开除处分：
（一）隐瞒应当上缴的财政收入；
（二）滞留、截留、挪用应当上缴的财政收入；
（三）坐支应当上缴的财政收入；
（四）不依照规定的财政收入预算级次、预算科目入库；
（五）违反规定退付国库库款或者财政专户资金；
（六）其他违反国家财政收入上缴规定的行为。
《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国预算法》等法律、行政法规另有规定的，依照其规定给予行政处分。
（2）其他单位和个人违反财务管理的规定，私存私放财政资金或者其他公款设置“小金库”的，适用《财政违法行为的处罚处分条例》第十七条：单位和个人违反财务管理的规定，私存私放财政资金或者其他公款的，责令改正，调整有关会计账目，追回私存私放的资金，没收违法所得。对单位处3000元以上5万元以下的罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处2000元以上2万元以下的罚款。属于国家公务员的，还应当给予记大过处分；情节严重的，给予降级或者撤职处分。
（3）对于行政性收费方面资金私设“小金库”的，按《国务院关于加强预算外资金管理的决定》规定“责令追回资金上缴财政”，还要依照有关规定进行处罚，并按《违反行政收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》第十三条“不按照规定将行政事业性收费纳入单位财务统一核算，管理的对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过处分，情节严重的，给予记大过或者降级处分”的规定给予处分。