小微企业由于组织架构、财会队伍素质等自身的特点，加之小微企业使用的《小企业会计准则》已经与税法较大程度的协调，决定了小微企业税务筹划方法与大中型企业有较大差异。为此，小微企业生产经营过程中的税务筹划应更多地关注日常管理和核算。
用足税收优惠政策
为了扶持小微企业发展，国家先后出台了一系列专门扶持小微企业发展和受益主体主要是小微企业的税收优惠政策。如何用好用足国家给予的税收优惠政策，是小微企业需要研究的重要课题。
适合小微企业的税收优惠政策涉及范围非常广泛，利用税收优惠政策进行税务筹划，符合国家的宏观政策和立法意图，涉税风险最低，是小微企业税务筹划最主要方法。
常见的税收优惠政策如，小微企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以按照国家规定免征、减征企业所得税；小微企业从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务收入，免征营业税；2014年9月30日前家政服务小微企业由员工制家政服务员提供的家政服务取得的收入免征营业税。
同时，在优惠政策中，不难发现国家对国际运输劳务和节能服务公司的青睐。对于提供国际运输劳务的小微企业免征营业税。而对于符合条件的节能服务公司实施合同能源管理项目，取得的营业税应税收入，暂免征营业税。
可以看出，对于小微企业而言，用足国家税收优惠政策是非常必要的。
把握税收法规的特定条款
小微企业按照《小企业会计准则》进行会计政策选择时，应充分把握税收法规的特定条款。
如国家税务总局《关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告公告》第八条：根据《企业所得税法》第二十一条规定，对企业依据财务会计制度规定，并实际在财务会计处理上已确认的支出，凡没有超过《企业所得税法》和有关税收法规规定的税前扣除范围和标准的，可按企业实际会计处理确认的支出，在企业所得税前扣除，计算其应纳税所得额。
也就是说，按照15号公告精神，小微企业在计算应纳税所得额时，对《小企业会计准则》与税收法律、行政法规的规定不一致的，应当依照税收法律、行政法规的规定计算。小微企业按照准则要求确认的支出，如果没有超过税法规定的标准和范围（如折旧年限的选择）的，为减少会计与税法差异的调整，便于税收征管，小微企业只能按照小企业会计准则上确认的支出，在税务处理时，不能再进行调整。按照这一征管原则，小微企业会计政策选择时应当尽可能地选用税法允许的最高费用扣除标准（如最短折旧年限）。
规范会计核算按时申报纳税
小微企业会计人员要按照《小企业会计准则》的要求规范小微企业会计核算行为。
首先，小微企业只有规范会计核算，才可能符合查账征收要求，就可以避免核定征收情况下由于盈利水平较差甚至亏本也要缴纳企业所得税的不公平现象。
其次，核算不规范会给小微企业造成损失。如税法规定小微企业的技术开发费符合条件可以加计扣除。但在会计核算中，如果会计人员对技术研发场地和设备的折旧忽视不单独核算，就会造成没有用足政策而在加计扣除时少了金额最大的项目。
最后，税法中有很多规定都依赖于规范的会计核算信息。如企业所得税法规定，用于公益事业的捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。“年度利润总额”就是指小微企业依照《小企业会计准则》的规定计算的大于零的数额。如果会计核算不规范，“年度利润总额”将无据可循。
纳税申报是小微企业一项义务，不论企业是否有税要交，均需按期及时申报。小微企业可能因为各种原因如处于筹建期、免税期、清算期，以及由于经营不理想，没有纳税收入等而没有税款要缴纳，但都应按时纳税申报（零申报）。此外，小微企业财会人员流动频繁，在财会人员离职的时候，管理者应主动提示离职人员先做完纳税申报，避免未按时纳税申报而给企业带来处罚。
取得合法有用凭据
我国的税务机关实施“以票控税”，小微企业所有的支出都要取得合法凭证，否则不能税前列支。取得合法凭证（税务发票和其他合法凭据）是小微企业税务筹划的重要方法之一。
税务发票既是会计核算的法定收支凭证，也是税务机关非常重要的计税依据。如我国增值税实行购进扣税法，以购进为标准，将购进货物和劳务所含的进项税金当期扣除，抵扣税的唯一依据单据就是税务发票，在出口退税方面、税收优惠等许多方面，取得税务发票也至关重要。
小微企业由于内部管理不规范，有的经办人认为不要发票价格会便宜，可以节省费用，从税务筹划角度看，没有取得合法的税务发票可能会付出高昂的代价。如购买10000元的办公用品，不要发票付9500元，开发票付10000元。其结果是少付500元，企业所得税多交2500元。
对于通过公益性社会团体发生的公益性捐赠支出，小微企业必须取得省级以上（含省级）财政部门印制并加盖接受捐赠单位印章的公益性捐赠票据，或加盖接受捐赠单位印章的《非税收入一般缴款书》收据联，方可按规定进行税前扣除。
此外，小微企业的运输费用按7%的扣除率计算进项税额。
准予计算进项税额扣除的货运发票的填写，其涉及项目的填写必须齐全，与购货发票上所列的有关项目必须相符，否则不予抵扣。准予抵扣的运费结算单据，是指运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。