由于企业财务、会计处理方法与国家有关税收法规存在一定差异，同时，岁末年初各企业都要在较短的期限内完成企业所得税汇算清缴工作，时间紧，加之受利益因素影响，这不仅容易使一些企业财会人员在汇算清缴企业所得税工作中发生这样那样的错误，更重要的是给后来接受此类审计业务的注册会计师，带来很大的审计难度和风险。
1.视同销售取得的收入未调增应纳税所得。视同销售取得的收入在会计上一般不确认为会计收入，但对照《企业所得税法实施条例》（以下简称《实施条例》）第二十五条规定，应当视同销售货物的非货币性资产交换，以及用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的货物、财产、劳务，应计入当期的应税收入。而在所得税汇算清缴实际工作中，不少企业对记入营业费用的交客户试用的产品、以及将产品发给职工作为福利和记入应付福利费的劳保费用，都没有调增应纳税所得。
2.企业为投资者或者职工支付的商业保睑费以及超标准支出的财产保险等保险费，未调增应纳税所得。按《实施条例》有关规定，企业为投资者或者职工支付的商业保险费以及超标准支出的财产保险等保险费，就应调增应纳税所得，而一些企业没有调增。
3.超过规定标准发生的利息费用未调增应纳税所得。实务中有三种错误表现：（1）向非金融企业借款超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的利息费用，未调增应纳税所得；（2）在生产经营活动中发生的需要资本化的利息费用，未调增应纳税所得；（3）从其关联方接受的债权性投资与其权益性投资比例超过规定标准发生的利息费用未调增应纳税所得。
4.超标的业务招待费未调增应纳税所得。一些企业对发生的与生产经营活动有关的业务招待费支出，除了按《实施条例》第四十三条规定，扣除发生额的60%外，其余40%部分的业务招待费以及超过当年销售（营业）收入5‰的业务招待费，没有调增应纳税所得。
5.不符合条件的广告赞和业务宣传费支出来调增应纳税所得。对不符合条件的广告费和业务宣传费支出，如企业发生的与生产经营活动无关的非广告性质的赞助支出，就不能扣除，就应调增应纳税所得。
6.不合规的公益性捐赠支出未调增应纳税所得。一种情形是不属于规定的公益性捐赠支出的非公益、救济性捐赠支出，未调增应纳税所得；另一种情形是企业发生的公益性捐赠支出，超过年度利润总额（是指企业依照国家统一会计制度的规定计算的年度会计利润）12%的部分，未调增应纳税所得。
7.不合规的企业之间各种支出未调增应纳税所得。企业之间支付的管理费、租金、利息和特许权使用费等，都要调增应纳税所得，而一些企业没有调增应纳税所得。
8.未经核定的准备金支出未调增应纳税所得。属于不符合财政、税务主管部门规定的各项资产减值准备、风险准备等准备金支出，在汇算清缴时也应调增应纳税所得，而常被一些企业漏掉。
9.因发生损失收取的责任人赔偿和保险赔款未调增应纳税所得。企业发生损失，对已作为损失处理后又收回的责任人赔偿和保险赔款，也应作为计税收入，调增应纳税所得，可有些企业在汇算清缴中也未能调增应纳税所得。还有些企业对已经作为损失处理的资产，在以后纳税年度又全部或者部分收回的，也未能作为收入调增应纳税所得。
10.专项资金提取后改变用途的未调增应纳税所得。一些企业依照法律、行政法规等有关规定提取的用于环境保护、生态恢复等方面的专项资金，但上述专项资金提取后改变用途的，就不能在税前扣除，应当调增应纳税所得，而有些企业并没有这样做。
11.发生的罚款、罚金、滞纳金未调增应纳税所得。一些企业因违反法律、行政法规而支付的罚款、罚金、滞纳金，应调增应纳税所得，而在汇算清缴中也未能调增应纳税所得。