营改增后，专用发票的抵扣问题是企业财会人员必须要格外注意的。尤其需要注意的是，增值税专用发票是有认证期限的，一旦逾期就需要经过一系列复杂的程序来进行补救。
增值税一般纳税人的抵扣认证期限增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
特别提醒：增值税认证期限是从开票日期起180天内；抵扣期限是认证当月必须抵扣，如：2012年11月份认证的专用发票，2012年11月份增值税申报期是2012年12月1日至15日，纳税人在申报时，应将2012年11月份认证的发票填入11月份的纳税申报表中抵扣，并在次月（12月）的15日内申报抵扣。如果超过抵扣期限的，就需要经过复杂的程序来完成抵扣。（具体认证期限见附表）
逾期抵扣的“亡羊补牢”
纳税人申请办理逾期抵扣时，应报送如下资料：
1.《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》。
2.增值税扣税凭证逾期情况说明。纳税人应详细说明未能按期办理认证或者申请稽核比对 的原因，并加盖企业公章。其中，对客观原因不涉及第三方的，纳税人应说明的情况具体为：发生自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因的，纳税人应详细说明自然灾害或者社会突发事件发生的时间、影响地区、对纳税人生产经营的实际影响等；纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期的，纳税人应详细说明办理搬迁时间、注销旧户和注册新户的时间、搬出及搬入地点等；企业办税人员擅自离职，未办理交接手续的，纳税人应详细说明事情经过、办税人员姓名、离职时间等，并提供解除劳动关系合同及企业内部相关处理决定。
3.客观原因涉及第三方的，应提供第三方证明或说明。具体为：企业办税人员伤亡或者突发危重疾病的，应提供公安机关、交通管理部门或者医院证明；有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，导致纳税人不能正常履行申报义务的，应提供相关司法、行政机关证明；增值税扣税凭证被盗、抢的，应提供公安机关证明；买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证的，应提供卖方出具的情况说明；邮寄丢失或者误递导致增值税扣税凭证逾期的，应提供邮政单位出具的说明。
4.逾期增值税扣税凭证电子信息。
5.逾期增值税扣税凭证复印件。逾期增值税扣税凭证的复印件必须整洁、清晰，在凭证备注栏注明“与原件一致”并加盖企业公章，增值税专用发票复印件必须裁剪成与原票大小一致。