企业进口货物，按照海关提供的完税凭证上注明的增值税额，借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，按照进口货物应计入采购成本的金额，借记“材料采购”、“商品采购”、“原材料”等科目，按照应付或实际支付的金额，贷记“应付账款”、“银行存款”等科目。其具体会计处理方法与国内购进货物的处理方法相同，只是扣税依据不同。
2.缴纳增值税的会计处理
企业上缴增值税时，借记“应交税费——应交增值税（已交税金）”科目，贷记“银行存款”科目。收到退回多缴的增值税，作相反的会计分录。
3.转出多交增值税和未交增值税的会计处理
为了分别反映增值税一般纳税企业欠交增值税款和待抵扣增值税的情况，避免出现企业在以前月份有欠交增值税，以后月份有未抵扣增值税时，用以前月份欠交增值税抵扣以后月份未抵扣的增值税的现象，确保企业及时足额上交增值税，企业应在“应交税费”科目下设置“未交增值税”明细科目，核算企业月份终了从“应交税费——应交增值税”科目中转入的当月未交或多交的增值税；同时，在“应交税费——应交增值税”科目下设置“转出未交增值税”和“转出多交增值税”专栏。
月份终了，企业计算出当月应交未交的增值税，借记“应交税费一应交增值税（转出未交增值税）”科目，贷记“应交税费——未交增值税”科目；当月多交的增值税，借记“应交税费——未交增值税”科目，贷记“应交税费——应交增值税（转出多交增值税）”科目，经过结转后，月份终了，“应交税费——应交增值税”科目的余额，反映企业尚未抵扣的增值税。“应交税费——未交增值税”科目的期末借方余额，反映多交的增值税，贷方余额，反映未交的增值税。
值得注意的是，企业当月交纳当月的增值税，仍然通过“应交税费——应交增值税（已交税金）”科目核算；当月交纳以前各期未交的增值税，则通过“应交税费——未交增值税”科目核算，不通过“应交税费——应交增值税（已交税金）”科目核算。
4.减免及返还增值税的会计处理
实行增值税后，国家仍在一定范围内保留了减税、免税，并采取直接减免、即征即退、先征后退、先征税后返还等形式。
对企业减免及返还的增值税，除按照国家规定有指定用途的项目以外，都应并入企业利润，照章征收企业所得税。
对直接减免和即征即退的，应并入企业当年利润征收企业所得税；对先征税后返还和先征后退的，应并入企业实际收到退税或返还税款年度的利润征收企业所得税。
在会计处理时，对于直接减免的增值税，借记“应交税费——应交增值税（减免税款）”科目，贷记“营业外收入”科目。对于企业实际收到即征即退、先征后退、先征税后返还的增值税，借记“银行存款”科目，贷记“营业外收入”科目。
5.小规模纳税人增值税会计处理
（一）购入货物或接受应税劳务的会计处理
由于小规模纳税企业实行简易办法计算交纳增值税，其购入货物或接受应税劳务所支付的增值税额应直接计入有关货物及劳务的成本。在编制会计分录时，应按支付的全部价款和增值税，借记“材料采购”、“原材料”、“制造费用”、“管理费用”、“经营费用”、“其他业务成本”等科目，贷记“银行存款”、“应付账款”、“应付票据”等科目。
（二）销售货物或提供应税劳务的会计处理
小规模纳税企业销售货物或提供应税劳务，应按实现的销售收入（不含税）与按规定收取的增值税额合计，借记“银行存款”、“应收账款”、“应收票据”等科目，按实现的不含税销售收入，贷记“主营业务收入”、“商品销售收入”、“其他业务收入”等科目，按规定收取的增值税额，贷记“应交税费——应交增值税”科目。发生的销货退回，作相反的会计分录。
（三）缴纳增值税款的会计处理
小规模纳税人按规定的纳税期限上缴税款时，借记“应交税费——应交增值税”科目，贷记“银行存款”等科目。收到退回多缴的增值税时，作相反的会计分录。