（一）执行《企业会计制度》的处理。执行《企业会计制度》的企业，补充养老保险和补充医疗保险的处理依据主要是《财政部关于企业为职工购买保险有关财务处理问题的通知》（财企[2003]61号）。根据该文件，企业为职工建立补充医疗保险，所需费用在工资总额4%以内部分，从应付福利费中列支，应付福利费不足部分作为劳动保险费直接列入成本（费用）。而企业为职工建立的补充养老保险，试点与非试点地区的会计处理并不完全一致：辽宁等完善城镇社会保障体系试点地区的企业，提取额在工资总额4%以内的部分，作为劳动保险费列入成本（费用）；非试点地区补充养老保险则与补充医疗保险的会计处理基本一致，即所需费用先从应付福利费中列支，但不得因此导致应付福利费发生赤字。
需要说明的是，根据财企[2003]61号文，企业缴纳的各项保险费，除应从“应付福利费”列支外，规定的列支渠道都是“成本（费用）”，而《企业会计制度》中人工费用的核算内容，只包括工资性支出和根据规定计算提取的应付福利费。所以，文件中从“成本（费用）”列支的社会保险费，实际上都应计入期间费用中的“管理费用”。
（二）执行《企业财务通则》的处理。2007年1月1日起施行的新《企业财务通则》第四十三条规定，已参加基本医疗保险、基本养老保险的企业，具有持续盈利能力和支付能力的，可以为职工建立补充医疗保险和补充养老保险，所需费用按照省级以上人民政府规定的比例从成本（费用）中提取。
这里我们要注意，修订后的《企业财务通则》实施后，企业不再按照工资总额14%计提职工福利费。根据《财政部关于实施修订后的有关问题的通知》（财企[2007]48号），截至2006年12月31日，企业应付福利费有账面余额的，应继续保留在账面上按照原有规定使用，待结余使用完毕后，再按照修订后的《企业财务通则》执行。也就是说，原来根据财企[2003]61号文在应付福利费中列支的各种保险费，仍应按原渠道列支，直至保留的应付福利费使用结束为止。《财政部关于企业新旧财务制度衔接有关问题的通知》（财企[2008]34号）进一步强调，补充养老保险的企业缴费总额在工资总额4%以内的部分，从成本（费用）中列支，但《企业财务通则》施行以前提取的应付福利费有结余的，符合规定的企业缴费应当先从应付福利费中列支。该文明确了实施修订的《企业财务通则》后企业负担的补充养老保险缴费比例，其比例上限与财企[2003]61号文一样，都不得超过工资总额的4%，但列支渠道有所变化，即不再区分试点和非试点地区企业，只要应付福利费有余额，均应从应付福利费中列支，以后再统一从成本（费用）中列支。
（三）执行企业新会计准则的处理。《企业会计准则第9号—职工薪酬》（以下简称“职工薪酬准则”）将凡是与职工个人有关的支出全部纳入职工薪酬进行确认、计量和报告，同时统一了职工薪酬的处理原则，除因解除与职工劳动关系给予职工的补偿外，企业支付的职工薪酬应当根据职工提供服务的受益对象，分别计入产品或劳务等有关资产成本及期间费用。
企业执行新准则后，也不再按照工资总额14%计提职工福利费。《企业会计准则第38号—首次执行企业会计准则》应用指南规定，首次执行日企业职工福利费有余额的，应当全部转入应付职工薪酬——职工福利。首次执行日后第一个会计期间，按照“职工薪酬准则”，根据企业实际情况和职工福利计划确认应付职工薪酬——职工福利，该项金额与原转入的应付职工薪酬——职工福利之间的差额调整管理费用。《上市公司执行新会计准则协调小组工作小组会议纪要（2007年第2期）》进一步强调了这一规定。
有观点认为，已执行新准则的企业，如果同时属于《企业财务通则》的适用范围，在首次执行日职工福利费有余额的情况下，其补充养老保险、补充医疗保险的处理也应按财企[2007]48号文、财企[2008]34号文的规定处理，先在结转后的“应付职工薪酬——职工福利”中列支，待该余额使用完以后，再根据新准则的相关规定处理。但是，根据“职工薪酬准则”，职工福利费与包括补充保险在内的各项保险费虽然同属货币性职工薪酬，但后者具有明确计提标准，应当按照国务院有关部门或省级以上政府规定的标准计提，计提的各项保险费通过“应付职工薪酬——社会保险费”二级科目核算；职工福利费则无明确计提标准，企业应当根据历史经验和自身情况计算确定应付职工福利，计提的职工福利费通过“应付职工薪酬——职工福利”二级科目核算。因此，执行新准则的企业，无论首次执行日职工福利费是否有余额，两项补充保险都不应在“应付职工薪酬——职工福利”科目中核算。财企[2007]48号文也明确，上市公司另有规定的，从其规定。