1、与《医院会计制度》（1998）比较，正式下发的《医院会计制度》（2010），其与《企业会计制度》上形式上更加趋同，增加了“短期投资”“长期投资”“累积折旧”和“应付票据”科目，实际上说明了有关部门认可医院的投资行为和票据融资行为，认为在财务核算上应将医院作为独立经济核算单位。
2、与《医院会计制度[征求意见稿]》比较，正式下发的《医院会计制度》（2010），取消了有关预算的有关要求，更加符合财务会计核算的精神，毕竟，预算信息实际上属于管理要求，直接强加在会计核算上不合适。
3、《医院会计制度》（2010）设立了“待冲基金”科目，核算国家专项财政补助承担的医疗成本，有利于真实反映医院的医疗成本。
4、与《企业会计制度》对企业的财务报表附注要求不同，《医院会计制度》（2010）增加了财务状况说明书，以达到对财务管理包括预算管理、成本管理方面信息的要求，这是比《企业会计制度》规定上更加完善的方面，同时，也有利于国家加强对医院管理方面的信息了解。
5、与《医院会计制度[征求意见稿]》比较，正式下发的《医院会计制度》（2010）取消了“生产成本”科目，是否妥当有些保留意见，实际情况是，大型综合医院均存在自制制剂的情况，对于成本的核算，应采取企业成本核算的方法和思路比较恰当。
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