国税函[2007]305号文《关于企事业单位公务用车制度改革后相关费用税前扣除问题的批复》曾明确，企事业单位公务用车制度改革后，在规定标准内为员工报销的油料费、过路费、停车费、洗车费、修理费、保险费等相关费用，以及以现金或实物形式发放的交通补贴，均属于企事业单位的工资薪金支出，应一律计入企事业单位的工资总额，按照现行计税工资标准进行税前扣除。
新税法实施后，国税函[2007]305号文也自然失效，因此，企便函[2009]33号对企事业单位公务用车制度改革后为员工在规定的标准内报销的燃油费，分两个阶段明确了企业所得税适用政策：2008年1月1日（不含）以前，仍按国税函[2007]305号文规定处理；2008年1月1日（含）以后，则按国税函[2009]3号文《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》规定，为员工报销的燃油费作为职工交通补贴在职工福利费中扣除。这里我们要注意三个问题：
1、新税法实施前，内资企业工资的税前扣除实行计税工资或工效挂钩工资标准税前扣除办法，而新税法实施后，企业发生的合理工资薪金支出则统一实行据实扣除办法，而职工福利费在不超过工资薪金总额14%范围内准予扣除。因此，新税法实施前，将公务用车制度改革后发给个人的交通补贴计入工资，可能会出现纳税调整，而新税法实施后如果仍将其作为工资薪金，则一般不会存在纳税调整。企便函[2009]33号文要求2008年1月1日（含）以后为员工报销的燃油费作为职工福利费处理，则仍可能出现纳税调整，因此这一改变显然对企业是不利的；
2、国税函[2007]305号文规定企事业单位公务用车制度改革后，为员工在规定的标准内报销的油料费、过路费、停车费、洗车费、修理费、保险费等相关费用均作为工资薪金处理，国税函[2009]3号文则只笼统地规定为职工发放的交通补贴作为职工福利费处理，而并未明确“交通补贴”的具体内容。企便函[2009]33号文只明确企事业单位公务用车制度改革后为员工在规定的标准内报销的燃油费在新税法实施后作为职工福利费处理，那么为职工报销的过路费、停车费、洗车费、修理费、保险费等相关费用在税前如何处理呢？文件并未明确；
3、企便函[2009]33号文明确企事业单位公务用车制度改革后为员工在规定的标准内报销的燃油费在新税法实施后作为职工福利费处理，但在个人所得税的处理上，根据国税函[2006]245号《关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》，仍应按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。具体计征方法，企便函[2009]33号文明确应按国税发[1999]058号文《关于个人所得税有关政策问题的通知》相关规定执行，即个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。关于公务费用的扣除标准，企便函[2009]33号文也作了进一步明确，即公务费用扣除标准由当地政府制定，如当地政府未制定公务费用扣除标准，按交通补贴全额的30%作为个人收入扣缴个人所得税。