《企业所得税法实施条例》规定，企业根据《企业所得税法》第五十四条规定，分月或者分季预缴企业所得税时，应当按照月度或者季度的实际利润额预缴；按照月度或者季度的实际利润额预缴有困难的，可以按照上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴，或者按照经税务机关认可的其他方法预缴。预缴方法一经确定，该纳税年度内不得随意变更。之后，国家税务总局根据各地贯彻落实《关于印发（中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表）等报表的通知》（国税函[2008]44号）过程中反映的问题，下发了《关于填报企业所得税月（季）度预缴纳税申报表有关问题的通知》（国税函[2008]635号）。基于这些法规及规范性文件，企业在进行所得税预缴时应重点关注以下几方面问题。
预缴所得税的基数
企业预缴的基数为“实际利润额”。而此前的预缴基数为“利润总额”。“实际利润额”为按会计制度核算的利润总额减除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入后的余额，即按新规定，允许企业所得税预缴时，不但可以弥补以前年度的亏损，而且允许扣除不征税收入、免税收入。这在一定程度上减轻了企业流动资金的压力。
不征税收入的处理
《企业所得税法》第七条规定，收入总额中的不征税收人为：财政拨款，依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金，国务院规定的其他不征税收入。《企业所得税法实施条例》指出，《企业所得税法》第七条第（三）项所称国务院规定的其他不征税收入，是指企业取得的，由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金。对于税法上规定的不征税收入，在会计上可能作为损益计人了当期利润，按照《企业会计准则第18号——所得税》的规定，上述财税差异不属于暂时性差异，在未来期间无法转回，应该归为永久性差异，在所得税预缴或汇算清缴时，按照“调表不调账”的原则，企业应作纳税调减处理。
免税收入的处理
根据《企业所得税法》第二十六条，《企业所得税法实施条例》以及《财政部国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）的规定，免税收入主要包括：国债利息收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，符合条件的非营利组织的收入。
对于免税收入，可能形成永久性差异（国债利息收入），也可能是暂时性差异（投资收益），企业应视具体情况进行分析。
【例】A公司2009年第一季度会计利润总额为100万元，其中包括国债利息收入5万元，企业所得税税率为25％，以前年度未弥补亏损15万元。企业“长期借款”账户记载：年初向建设银行借款50万元，年利率为6％；向B公司借款10万元，年利率为10％，上述款项全部用于生产经营。另外，计提固定资产减值损失5万元。假设无其他纳税调整事项。A公司第一季度预缴所得税的数额确定和会计处理如下：
企业预缴的基数为会计利润100万元，扣除上年度亏损15万元以及不征税收入和免税收入5万元后，实际利润额为80万元。对于其他永久性差异，即题目中长期借款利息超支的4[即100×（10％-6％）]万元和暂时性差异（资产减值损失5万元），季度预缴时不作纳税调整。会计处理为：
借：所得税费用 200000
贷：应交税费——应交所得税 200000（即800000×25％）
下月初缴纳企业所得税：
借：应交税费——应交所得税 200000
贷：银行存款 200000
年度预缴及汇算清缴处理
1.假设第二季度企业累计实现利润140万元，第三季度累计实现利润-10万元，第四季度累计实现利润110万元，则每季度末会计处理如下：
第二季度末：
借：所得税费用 150000
贷：应交税费——应交所得税 150000[即（1400000－800000）×25％]
下月初缴纳企业所得税：
借：应交税费——应交所得税 150000
贷：银行存款 150000
第三季度累计利润为亏损，不缴税也不作会计处理。
第四季度累计实现利润110万元，税法规定应先预缴税款，再汇算清缴。由于第四季度累计利润小于以前季度（第二季度）累计实现利润总额，暂不缴税也不作会计处理。
2.经税务机关审核，假如该企业汇算清缴后全年应纳税所得额为120万元，应缴企业所得税额为30万元，而企业已经预缴所得税额35万元。按照相关规定，主管税务机关应及时办理退税，或者抵缴下一年度应缴纳的税款。
一般情况下，税务机关为了减少税金退库的麻烦，实务中，大多将多预缴的上年度企业所得税抵缴下一年度应缴纳的税款。这种情况下，企业的会计处理为：
借：其他应收款——所得税退税款 50000
贷：以前年度损益调整——所得税费用 50000
3.假如2009年第一季度应预缴企业所得税为15万元，会计处理如下：
借：所得税费用 150000
贷：应交税费一应交所得税 150000
下月初缴纳企业所得税：
借：应交税费——应交所得税 150000
贷：银行存款 100000
其他应收款——所得税退税款 50000
另外。企业应注意，按照《企业会计准则第18号——所得税》的规定，对于暂时性差异产生的对递延所得税的影响，应该按照及时性原则，在产生时立即确认，而非在季末或者年末确认，以上资产减值损失形成的暂时性差异，应该在计提时同时作以下分录：
借：递延所得税资产 12500
贷：所得税费用 12500