案例：
2009年7月30日，税务人员在对某高新技术企业2008年度的企业所得税进行检查时发现，该企业2008年3月取得一笔由省科技厅无偿拨付的科技补贴100万元。2008年6月，该企业利用其中的80万元购买了一台专门用于研发活动的设备，并计入固定资产80万元，企业按10年的期限从2008年7月开始计提折旧，当年计提折旧4万元，此外有2万元用于在职直接从事研发活动人员的工资支出，折旧4万元和工资2万元均在税前扣除并同时加计扣除，加计扣除的研发支出符合《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知》（国税发[2008]116号）的规定。企业自行申报2008年度企业所得税应纳税所得额为2000万元，科技补贴100万元未从应纳税所得额中扣减，企业无其它纳税调整事项。
由于《财政部、国家税务总局关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》（财税[2009]87号）是2009年6月16日才发布的，而一般企业在5月31日前就已办理年度汇算清缴，故当时尚未执行财税[2009]87号文件。财税[2009]87号规定，对企业在2008年1月1日至2010年12月31日期间从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合三个条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。具体条件是：企业能够提供资金拨付文件，且文件中规定该资金的专项用途；财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。检查人员经认真审查，确认企业的科技补贴100万元符合财税[2009]87号规定的不征税条件。那么，该如何对企业2008年度应纳税所得额进行纳税调整呢？
纳税调整计算：按照财税[2009]87号的规定，该企业取得的科技补贴100万元应作为不征税收入，同时不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。因此，该企业2008年度的折旧4万元和工资2万元及其相应的加计扣除均不得在税前扣除。
2008年度应纳税所得额为2000-100+4+2+（4+2）×50%＝1909（万元）
应纳企业所得税1909×15%＝286.35（万元）
比原先申报税款少了2000×15%-286.35＝13.65（万元）
应按规定进行退抵手续。
分析：
财政性资金，到底是“免税收入”还是“不征税收入”要严格区分，按照企业所得税法实施条例的规定，企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除，而免税收入用于支出所形成的费用或者财产，则可以扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。税务人员在对企业进行检查时，如果是执行《小企业会计制度》的企业，要注意其“营业外收入”等科目，如果是执行《企业会计制度》的企业，要注意“补贴收入”等科目，如果是执行新《企业会计准则》的企业，则要注意“递延收益”和“营业外收入”等科目，此外还要注意企业的“其它应付款”、“专项应付款”等相关科目，弄清财政性资金的来源及去向，严格区分“免税收入”和“不征税收入”的税务处理，既要充分保护纳税人享受好税收优惠，同时也不能让国家税收受损失。