近年来我国非营利组织发展迅速，在消除贫困、发展教育、保护环境等方面发挥了重要作用，成为建设社会主义和谐社会不可缺少的力量，为了进一步规范非营利组织的纳税秩序，财政部、国家税务总局发布了《关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》财税[2009]122号（以下简称“财税[2009]122号”）和《关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》财税[2009]123号（以下简称“财税[2009]123号”）。
非营利组织的概念
非营利组织指那些不以营利为目的、不分配收益、活动有公益性或互助互益性，主要从事、慈善、科学、教育、文化、卫生、扶贫和法律援助等事业和活动的组织。其组织形式主要有三类：社团、民办非企业单位和基金会。根据上述非营利组织的定义，非营利组织有如下五个方面的特点：非营利性；非政府性：公益眭或互助互益性；独立性；志愿性。
明确五项免税范围
企业所得税法实旋条例第八十五条规定：符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。根据上述规定，非营利组织取得的以下两类收入不免税：
1.不符合条件的非营利组织取得的收入不免税：
2.非营利组织从事营利性活动取得的收入不免税。
根据财税[2009]122号，非营利组织的下列收入为免税收入：
1.接受其他单位或者个人捐赠的收入：
2.除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入：
3.按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；
4.不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入：
5.财政部、国家税务总局规定的其他收入。
即使非营利组织符合免税条件，也不一定其所有的收入都能够免税，能够免税的只限于非营利组织从事非营利性活动取得的收入。我国的非营利组织一般不能从事营利性活动，为规范此类组织的活动，防止从事营利性活动可能带来的税收漏洞，对非营利组织的营利性活动取得的收入，不予免税。
申请方可免税
经省级（含省级）以上登记管理机关批准设立或登记的非营利组织，凡符合规定条件的，应向其所在地省级税务主管机关提出免税资格申请，并提供本通知规定的相关材料；经市（地）级或县级登记管理机关批准设立或登记的非营利组织，凡符合规定条件的，分别向其所在地市（地）级或县级税务主管机关提出免税资格申请，并提供本通知规定的相关材料。申请享受免税资格的非营利组织，需报送以下材料：
1.申请报告：
2.事业单位、社会团体、基金会、民办非企业单位的组织章程或宗教活动场所的管理制度；
3.税务登记证复印件；
4.非营利组织登记证复印件：
5.申请前年度的资金来源及使用情况、公益活动和非营利活动的明细情况：
6.具有资质的中介机构鉴证的申请前会计年度的财务报表和审计报告：
7.登记管理机关出具的事业单位、社会团体、基金会、民办非企业单位申请前年度的年度检查结论；
8.财政、税务部门要求提供的其他材料。
有效期限和执行时间
非营利组织免税优惠资格的有效期为五年。非营利组织应在期满前三个月内提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其享受免税优惠的资格到期自动失效。
两文件都是从2008年1月1日起执行，在该文公布前发生的业务可参照相关条文纳税调整。
按期进行纳税申报
非营利组织必须按照《中华人民共和国税收征收管理法》及《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》等有关规定，办理税务登记，按期进行纳税申报。取得免税资格的非营利组织应按照规定向主管税务机关办理免税手续，免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起十五日内向主管税务机关报告；不再符合免税条件的，应当依法履行纳税义务；未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。取得免税资格的非营利组织注销时，剩余财产处置违反本通知第一条第五项规定的，主管税务机关应追缴其应纳企业所得税款。