耕地占用税与土地使用税的共同点有：都适用《税收征管法》和国务院发布的暂行条例，都由地方税务机关征收，都实行幅度税额从量定额征收，纳税人都包括外商投资企业和外国企业。
耕地占用税与土地使用税的不同点有：
1、定义不同：耕地占用税是对占用耕地建房或从事非农业建设的单位和个人，按其实际占用的耕地面积征收的一种税。土地使用税是在城市、县城、建制镇和工矿区范围内，对拥有土地使用权的单位和个人，以实际占用的土地面积为计税依据，按规定税额征收的一种税，全称为城镇土地使用税。
2、征收范围不同：耕地占用税是在全国范围内，就改变耕地用途的行为征收的税。耕地占用税一般一次性征收，以后不再征税。土地使用税是在城市、县城、建制镇和工矿区范围内，就使用土地的行为征收的税。土地使用税实行按年计征，分期缴纳。新征用的耕地，自批准征用之日起满1年时开始缴纳土地使用税（因占用耕地要纳耕地占用税）；新征用的非耕地，自批准征用次月起缴纳土地使用税。
3、纳税人不同：耕地占用税的纳税人为占用耕地建房或者从事非农业建设的单位或者个人。土地使用税的纳税人为在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人。
4、计税依据不同：耕地占用税以纳税人实际占用的耕地面积为计税依据，获准占用耕地的单位或者个人，应当在收到土地管理部门的通知之日起30日内，持批准占用耕地的文件向税务机关申报缴纳耕地占用税。土地使用税是以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，土地占用面积的组织测量工作，由省、自治区、直辖市人民政府根据实际情况确定，一般以政府部门核发的土地使用权证书确认的土地使用面积为准。
5、单位税额不同：耕地占用税的单位税额，以县为单位，以人均耕地面积为标准，实行幅度税额为：人均耕地不超过1亩的地区（以县级行政区域为单位，下同），每平方米为10元至50元；人均耕地超过1亩但不超过2亩的地区，每平方米为8元至40元；人均耕地超过2亩但不超过3亩的地区，每平方米为6元至30元；人均耕地超过3亩的地区,每平方米为5元至25元。国务院财政、税务主管部门根据人均耕地面积和经济发展情况确定各省、自治区、直辖市的平均税额。各地适用税额，由省、自治区、直辖市人民政府在规定的税额幅度内,根据本地区情况核定。
土地使用税也实行差别幅度税额，每平方米年税额为：大城市1.5元至30元；中等城市1.2元至24元；小城市0.9元至18元；县城、建制镇、工矿区0.6元至12元。省、自治区、直辖市人民政府，在规定的税额幅度内，根据市政建设状况、经济繁荣程度等条件，确定所辖地区的适用税额幅度。市、县人民政府根据实际情况，将本地区土地划分为若干等级，在省、自治区、直辖市人民政府确定的税额幅度内，制定相应的适用税额标准，报省、自治区、直辖市人民政府批准执行。
6、特点不同：耕地占用税以占用耕地建房或从事非农业建设的行为征税，具有明显的行为税特点。开征土地使用税是为了合理利用城镇土地，调节土地级差收入，因此，土地使用税具有财产税或级差资源税特点。