2009年4月30日，财政部、国家税务总局联合颁布《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号），对企业清算范围、企业清算所得税处理范围、清算所得的计算等具体问题进行了明确。2009年7月17日，国家税务总局颁布《关于印发〈中华人民共和国企业清算所得税申报表〉的通知》（国税函[2009]388号），发布了企业清算所得税申报表、附表及其填报说明。至此，企业清算业务所得税的实体法规和操作都有了明确规定。与原政策相比，企业清算业务企业所得税处理有四大变化，将对纳税人清算阶段的所得税处理产生很大影响，纳税人应予以关注。
统一了内外资企业清算所得定义
原政策下，内资企业清算所得是指纳税人清算时的全部资产或者财产扣除各项清算费用、损失、负债、企业未分配利润、公益金和公积金后的余额，超过实缴资本的部分。外资企业清算所得是其资产净额或者剩余财产减除企业未分配利润、各项基金和清算费用后的余额，超过实缴资本的部分。
财税[2009]60号文件规定，清算所得是指企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额。
我们可以将税法规定的清算所得理解为企业的全部资产可变现价值或交易价格减除资产的计税基础、加上债务清偿损益，减清算费用、相关税费后，再加上其他所得或支出后的余额。用公式表示为：
清算所得=资产处置损益+负债清偿损益－清算费用－清算税金及附加+其他所得或支出
可见，新政策下无论内外资企业，清算所得计算口径是统一的。
清算所得计算原理改变
新政策提出可变现价值和交易价格的概念，导致清算所得计算原理的改变。财税[2009]60号文件第四条规定，企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得。虽然《企业所得税法》没有对可变现价值进行定义，但可以参照《企业会计准则》对可变现价值的定义，即资产的可变现净值应按照其正常对外销售所能收到的现金或者现金等价物的金额，扣减该资产至完工时估计将要发生的成本、估计的销售费用以及相关税费后的金额来计量。
原内外资企业清算时，虽然计算清算所得的公式不同，但原理是一致的，基本上采用净资产原理。新政策关于清算所得的计算采用变现资产的原理，反映了清算所得的实质，有利于克服原来清算中的许多弊端和缺陷。例如，企业未经处置的房产，由于按历史成本法核算，其固定资产净值往往大大低于市场价格，清算时隐含的增值未实现，导致税款流失。而新政策下企业清算时隐含的增值可以反映在清算所得里，有利于防止税款流失。
清算所得允许弥补以前年度亏损
以前的税务处理中，将清算期作为作为一个特殊的纳税年度，因此，清算所得有独立的确认方法，不允许弥补经营期的年度亏损。企业通常的做法是尽快在清算开始日前处理相关业务，使其应纳税所得可以弥补以前年度的亏损。但由于急于处置财产，提前偿还债务，清算所得就会被提前转变为正常生产经营所得，给企业带来法律风险和税务风险。如低价转让财产、以明显不合理的价格进行交易、对没有财产担保的债务提供财产担保、对未到期的债务提前清偿、放弃债权等行为，从法律上讲，这些行为不符合破产法的规定，即使在清算日前处置，仍可能被列入清算财产范围。
财税[2009]60号文件规定，清算所得在计算应纳税所得时，可以依法弥补亏损。从国税函〔2009〕388号文件中的企业清算所得税申报表设计来看，弥补以前年度亏损也作为一个清算所得减项处理，符合税收中性原则，可以减少对纳税企业清算行为的影响。
税收优惠与清算业务不再绝缘
从国税函[2009]388号文件中的企业清算所得税申报表来看，清算所得到应纳税所得额中间存在4个减项，即免税收入、不征税收入、其他免税所得和弥补以前年度亏损。除不征税收入和弥补亏损不属于税收优惠范畴外，免税收入和其他免税所得均属于《企业所得税法》第四章规定的税收优惠范畴。
一般来讲，企业清算期间，正常的产业和项目运营一般都已停止，企业取得的所得已是非正常的生产经营所得，企业所得税优惠政策的适用对象已不存在，企业应就清算所得按税法规定的基本税率缴纳企业所得税，清算所得不适用《企业所得税法》所规定的税收优惠政策，包括小型微利企业、高新技术企业、重点软件企业、技术先进型服务企业的优惠税率，过渡期优惠税率。而企业在经营期的经营或投资行为，为企业在清算期带来的所得，应该仍然适用相关优惠政策。如清算期在未处置某项长期股权投资前，被投资方分配股息红利，清算组确定了投资收益，该投资收益符合税法规定的免税条件，即使在清算期确认，仍属于免税收入。