含义：只针对非上市股权转让
国税函[2009]698号文明确规定，本通知所称股权转让所得是指非居民企业转让中国居民企业的股权（不包括在公开的证券市场买入并卖出中国居民企业的股票）所取得的所得。这就意味着这个文件只适用于非居民企业转让非上市的中国居民企业股权。
值得注意的是，按照国家税务总局颁布的《关于境外注册中资控股企业依据实际管理机构标准认定为居民企业有关问题的通知》（国税发[2009]82号）文件规定，部分在境外注册的中资控股企业可以依据实际管理机构标准被认定为中国居民企业。如果非居民转让所持有的这些属于中国居民企业的境外注册中资控股企业的股权是否需要依据698号文处理可能尚存在一定争议，笔者倾向于这样的转让不宜适用698号文。
申报：7日内完税
一般来说，如果非居民企业将股权转让给我国境内企业，境内企业需要依法履行源泉扣缴义务，但是限于税收征管还不健全，部分扣缴义务人可能无法履行扣缴义务。
如果非居民企业将股权转让给境外企业，这属于纯粹的离岸交易，扣缴义务几乎无从谈起。因此，698号文明确要求，扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应自合同、协议约定的股权转让之日（如果转让方提前取得股权转让收入的，应自实际取得股权转让收入之日）起7日内，到被转让股权的中国居民企业所在地负责该居民企业所得税征管的主管税务机关申报缴纳企业所得税，非居民企业未按期如实申报的，依照税收征管法的有关规定处理。
股权转让所得：转让价减除股权成本价后的差额
股权转让所得是股权转让价和股权成本价之间的差额。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。如被投资企业有未能分配的利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
这是在698号文出台之前，纳税人和税务机关之间在实际征管工作中存在争议最大的地方。个别企业认为这样会造成对留存收益的重复征税。笔者认为，企业股权转让过程中，很难确认股权或转让时点被转让股权企业账面留存收益的准确数额，而且单纯依据会计标准确定留存收益并不科学，依据所得税收入费用有关确认扣除标准对这些留存收益进行调整又不具备可操作性，因此对随同股权一并作价转让的留存收益部分不给予免税待遇是合适的。为了降低税负，企业在实际进行股权转让时，可以考虑对有关留存收益先进行分配，在按照分配以后的股权作价转让，这样可以合理降低一部分税负。
案例：2006年7月1日，境外非居民企业福特斯环球公司在中国境内出资600万元（以人民币元为单位，下同）设立淮安福特斯百货公司，福特斯环球公司拥有淮安福特斯百货公司100%股权。2007年12月31日，淮安福特斯百货公司未分配利润100万元。2008年12月31日，淮安福特斯百货公司未分配利润300万元。2006年7月1日至2008年12月31日，淮安福特斯百货公司一直未向股东福特斯环球公司分配利润。2009年1月2日，福特斯环球公司将淮安福特斯百货公司100%的股权以1200万元转让价出售给境外非居民企业美亚世界公司,则非居民企业福特斯环球公司股权转让所得为股权转让价1200万元-股权成本价600万元=600万元。
如果假设2009年1月31日，淮安福特斯百货公司向美亚世界公司将2006年6月30日至2008年12月31日形成的未分配利润进行分配，支付股利300万元(假定法律许可对该部分利润全部进行分配)，按照2008年2月22日发布的《财政部国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）的规定，2008年1月1日之前外商投资企业形成的累积未分配利润，在2008年以后分配给外国投资者的，免征企业所得税；2008年及以后年度外商投资企业新增利润分配给外国投资者的，依法缴纳企业所得税。由于对外国投资者自外商投资企业取得的2008年以前形成的利润分配予以免税，美亚世界公司在计算应纳税所得时应允许其扣除与2007年度利润对应的利润分配100万元，则其应纳税税额为（300-100）×10%=20万元。我们不难发现，对于2008年以前淮安福斯特百货公司形成的利润进行的分配并不会构成重复纳税，但是对于淮安福特斯百货公司2008年形成的未分配利润200万元就在福特斯环球公司与美亚世界公司二者之间重复征收企业所得税了，原因在于原来进行股权转让时，这部分利润已经在股权转让作价中得到考虑，作为股权转让收入的一部分在计算股权转让所得时被包含其中了。
币种确认：以首次投资为准
在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权转让成本价。这个规定意味着并不能完全根据转让时的币种确认转让收入，如果转让时的交易币种与转让方获得初始股权投资时的币种不一致，必须进行换算。
更为复杂的是，如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权转让价和股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。这意味着纳税人要想准确计算股权转让所得，还可能要查询历史汇率，工作量可能会有所增加。
间接转让：需要按照规定报备资料
有的外国投资者为了规避转让境内股权产生的预提所得税，一般都会先在海外设立英属维尔京群岛（下称“BVI”）等形式的公司，由BVI公司单纯持有所投资的我国外商投资企业的外资股权。如果外方投资者要转让所持有的我国企业的股权，直接出让BVI公司的股权即可。这样我国居民企业的外方股东虽然实际拥有人发生了变更，但名义拥有人并不变，因此外资股权转让行为，就现行税法有关条款来看，不会产生缴纳中国股权转让所得税的义务。
但是考虑到反避税的特殊需要，我国税务机关仍然有必要掌握这些方面的股权转让信息，698号文规定，境外投资方（实际控制方）间接转让中国居民企业股权，如果被转让的境外控股公司所在国（地区）实际税负低于12.5%或者对其居民境外所得不征所得税的，应自股权转让合同签订之日起30日内，向被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关提供以下资料：股权转让合同或协议；境外投资方与其所转让的境外控股公司在资金、经营、购销等方面的关系；境外投资方所转让的境外控股公司的生产、经营、人员、账务、财产等情况；境外投资方所转让的境外控股公司与中国居民企业在资金、经营、购销等方面的关系；境外投资方设立被转让的境外控股公司具有合理商业目的的说明；税务机关要求的其他相关资料。
避税安排：直接在税收上否定境外公司的存在
由于间接转让中国居民企业股权可能存在不合理的避税安排，698号文件明确要求，境外投资方（实际控制方）通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权，且不具有合理的商业目的，规避企业所得税纳税义务的，主管税务机关层报税务总局审核后可以按照经济实质对该股权转让交易重新定性，否定被用作税收安排的境外控股公司的存在。
698号文件还规定，非居民企业向其关联方转让中国居民企业股权，其转让价格不符合独立交易原则而减少应纳税所得额的，税务机关有权按照合理方法进行调整。
整体转让：要准确划分境内分部的转让价格
698号文件规定，境外投资方（实际控制方）同时转让境内或境外多个控股公司股权的,被转让股权的中国居民企业应将整体转让合同和涉及本企业的分部合同提供给主管税务机关，如果没有分部合同的，被转让股权的中国居民企业应向主管税务机关提供被整体转让的各个控股公司的详细材料，准确划分境内被转让企业的转让价格。如果不能准确划分的，主管税务机关有权选择合理的方法对转让价格进行调整。
特殊性税务处理：需要备案证明
698号文件要求，非居民企业取得股权转让所得，符合财税[2009]59号文件规定的特殊性重组条件并选择适用特殊性税务处理的，应向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合特殊性重组规定的条件，并经省级税务机关批准。
追溯调整：自2008年1月1日生效
698号文件规定，本通知自2008年1月1日起生效。这意味着虽然这个文件在2009年12月10日成文，12月15日才由国家税务总局印发，但是其生效期却几乎向前追溯了两年，这就意味着发生在2008年以后所得的符合本通知规定的非居民股权转让所得都要按照该文件课税。不过企业并不需要担心，实际工作中税务机关对非居民股权转让所得采取的计税方法和698号文件的规定是完全一致的，并不会增加非居民企业的实际税款负担。