三、关于三项收入的纳税衔接处理
新税法从税收实现角度考虑，将所得税确认利息收入、租金收入、特许权使用费收入（以下简称“三项收入”）的时点确定为合同约定的应付款日，这与原税法和财务核算对三项收入按权责发生制原则确认存在差异。因此文件规定，新税法实施前已按其他方式计入当期的三项收入，新税法实施后，将该项收入总额减去以前年度已确认收入后的余额，再按合同约定的应付款日确认当期收入。
由于新税法没有按照权责发生制确认三项收入，因此2008年及以后年度纳税申报时，对上述三项收入的纳税调整应反映在附表三《纳税调整明细表》第5行“未按权责发生制原则确认的收入”。
【例】某企业2007月年1月与承租人订立租赁合同，自2007年1月～2009年12月出租房屋3年，每个月租金1万，承租人于2009年12月一次性支付租金36万元。
1.企业的账务处理
（1）2007年度～2009年度每年确认收入时的账务处理（一共3次）。
借：其他应收款 12
贷：其他业务收入 12
（2）2009年收取租金收入时的账务处理。
借：银行存款 36
贷：其他应收款 36
2.企业的纳税申报处理
2007年度企业所得税纳税申报，依据旧税法将企业按权责发生制确认的收入12万元并入应纳税所得额，2008年度由于承租人不支付房租，因此税收上不确认收入，申报时应将财务上确认的12万元收入进行纳税调减。附表三《纳税调整明细表》第5行“未按权责发生制原则确认的收入”填报：第1列“账载金额”12万元，第2列“税收金额”0，第3列“调增金额”0，第4列“调减金额”12万元。2009年度由于合同约定承租人于6月支付房租36万元，纳税申报时按98号文件要求，按总收入36万元减去2007年度已确认的12万元收入后的余额24万元确认其2009年度租金收入。附表三《纳税调整明细表》第5行“未按权责发生制原则确认的收入”填报：第1列“账载金额”12万元，第2列“税收金额”36万元，第3列“调增金额”24万元，第4列“调减金额”0。
四、关于以前年度职工福利费余额的纳税处理
新税法强调税前扣除的职工福利费是工资、薪金14%额度内的实际发生额，因此新旧政策衔接中要求：2008年及以后年度发生的职工福利费，应首先冲减2008年以前按照规定计提但尚未使用的职工福利费余额，不足部分按新税法规定扣除，仍有余额的，继续留在以后年度使用。
【例】某企业执行新准则，2007年末有职工福利费余额40万元，2008年扣除限额80万元，2008年职工福利费发生100万元。
1.2008年度账务处理
借：管理费用——职工福利 100
贷：应付职工薪酬——职工福利 100
借：应付职工薪酬——职工福利 100
贷：银行存款 100
2.纳税申报处理
（1）计算该企业2008年度应冲减以前年度职工福利费余额后，本年发生职工福利费余额为100-40＝60（万元），60万元小于扣除限额80万元，可在税前扣除。
（2）2008年可以税前扣除的职工福利费为40＋60＝100（万元）。
（3）2008年度企业纳税申报时，需要对准予扣除的“税收金额”进行确认，上述计算中企业2008年度实际发生的100万元职工福利费都可以在税前扣除，因此“税收金额”为100万元。附表三《纳税调整明细表》第23行“职工福利费支出”填报：第1列“账载金额”100万元，第2列“税收金额”60万元，第3列“调增金额”40万元。
五、关于以前年度职工教育经费余额的处理
文件规定，对于2008年以前已计提但尚未使用的职工教育经费余额，2008年及以后新发生的职工教育经费应先从余额中冲减，仍有余额的，留在以后年度继续使用。
六、关于工效挂钩企业工资储备基金的处理
对于原执行工效挂钩办法的企业税前扣除实际动用的以前年度工资储备，国税发[2008]101号文件明确，原执行工效挂钩办法的企业，动用以前年度工资储备实际发放时，可以进行纳税调减。因此文件明确，原执行工效挂钩办法的企业，在2008年1月1日以前已按规定提取，但因未实际发放而未在税前扣除的工资储备基金余额，2008年及以后年度实际发放时，可在实际发放年度企业所得税前据实扣除。
【例】某执行工效挂钩的企业，国资委批准其2006年工效挂钩额度为100万元，2006年当年实际发放工资、薪金80万元，其中20万元做为工资储备。2008年度该企业除实际发放当年工资50万元外，一并发放2006年度工资储备余额20万元。
1.该企业账务处理：
2006年度提取时：
借：管理费用 100
贷：应付工资 100
2006年度发放时：
借：应付工资 80
贷：银行存款 80
2008年度对实际发放20万元工资储备余额的处理：
借：应付工资 20
贷：银行存款 20
2.纳税申报处理
企业的账务处理中2008年度实际发放的20万元工资储备余额，在2006年度已经计入费用，由于没有实际发放，在2006年度已作纳税调增。2008年实际发放时不再计入费用，因此该企业2008年度利润总额中不包括此项费用，应在附表三中做纳税调减。附表三《纳税调整明细表》第22行“工资薪金支出”填报：第1列“账载金额”50万元，第2列“税收金额”70（50＋20）万元，第3列“调增金额”0，第4列“调减金额”20万元。