企业合并包括三种形式，即控股合并、吸收合并和新设合并。所得税上所称合并业务通常是指吸收合并和新设合并，而控股合并所得税上称之为股权收购。企业合并的所得税处理分一般性处理和特殊性处理，笔者现结合《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号），对吸收合并、新设合并业务（以下简称合并业务）的所得税特殊性处理进行分析。
依据财税[2009]59号文件规定，合并业务在同时满足被合并企业股东取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%（含同一控制下且不需要支付对价的企业合并）以及具有合理的商业目的等相关条件时，合并业务涉及的三方可以选择按下列特殊性规定进行所得税处理。
合并企业的所得税处理
（一）非股权支付中涉及非货币性资产应否确认资产转让所得或损失问题。
合并业务在符合特殊性处理规定的条件下，虽然合并企业支付的对价85%以上为股权支付，但仍可能涉及非股权支付。这里应注意的是，如果非股权支付中涉及非货币性资产，仍应按税法规定确认资产的转让所得或损失。
（二）接受被合并企业净资产计税基础的确定。
按照财税[2009]59号文件规定，合并企业接受被合并企业净资产（资产、负债）的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。这里重点分析接受被合并企业资产（以下简称合并资产）计税基础的确定。在不涉及非股权支付的情况下，合并资产的计税基础应为被合并企业原来的计税基础。但在涉及非股权支付情况下，合并资产的计税基础应根据被合并企业原有计税基础调整确定。如何进行调整呢？实际工作中可利用分解理论调整确定合并资产的计税基础。由于合并企业为取得合并资产付出了股权支付和非股权支付两种代价，因此可将其取得的合并资产分解为两部分，即一部分通过股权支付方式取得，另一部分通过非股权支付方式取得。其中，通过股权支付方式取得合并资产的计税基础，依据财税[2009]59号文件规定应按其原来的计税基础确定。而通过非股权支付方式取得的合并资产相当于按非股权支付的公允价值购入，因此应按公允价值确定其计税基础。
（三） 以前年度所得税事项的处理。
关于税收优惠政策的处理，财税[2009]59号文件规定，在企业吸收合并中，合并后的存续企业性质及适用税收优惠的条件未发生改变，可以继续享受合并前该企业剩余期限的税收优惠，其优惠金额按存续企业合并前一年的应纳税所得额（亏损计为零）计算。依据上述规定，在税率相同的情况下，剩余年限内各年可享受的减免税额相同。
关于弥补亏损问题，财税[2009]59号文件只明确了符合特殊处理规定条件下，被合并企业以前年度发生的亏损应如何弥补，而未明确合并企业合并前发生的尚未超过弥补期限的亏损合并后应如何弥补。笔者认为，后者也应比照前者进行处理。
被合并企业的所得税处理
（一）是否确认资产的转让所得或损失问题。
合并业务如果符合特殊性处理规定的条件，则不涉及或仅涉及少量的货币资金。因此，为支持企业进行改组，财税[2009]59号文件规定，被合并企业可暂不确认全部资产的转让所得或损失，但应确认非股权支付对应的转让所得损失。非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）。
（二）以前年度所得税事项的处理。
符合特殊性处理条件的合并业务，由于被合并企业暂不确认全部资产转让所得或损失，依据财税[2009]59号文件规定，被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。
关于以前年度亏损在合并企业的弥补问题，依据财税[2009]59号文件规定，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。这里应注意的是，文件未明确按公式计算出的限额是每年可由合并企业弥补亏损的限额，还是亏损剩余弥补期限内可由合并企业弥补亏损的合计限额。笔者认为按公式计算出的限额应属于前者。
关于税收优惠政策在合并企业可否继续享受问题，财税[2009]59号文件只明确了合并企业合并前未执行到期的税收优惠应如何处理，但未明确被合并企业合并前未执行到期的税收优惠应如何处理。笔者认为后者应比照前者进行处理。
被合并企业股东的所得税处理
（一）是否确认旧股的转让所得或损失问题。
符合特殊性处理条件的合并业务，被合并企业股东在合并中取得的多数利益为合并企业的股权，且取得的股权连续12个月内不得转让。如果在合并业务发生时如对其确认旧股全部转让所得并征税，会造成资金困难，从而违背所得税的量能负担原则。因此，依据财税[2009]59号文件规定，被合并企业股东可暂不确认旧股的转让所得或损失，但应确认非股权支付部分对应的旧股转让所得或损失。
（二）新股计税基础的确定问题。
符合特殊性处理条件的合并业务，由于被合并企业股东暂不确认旧股的全部转让所得或损失，按照所得税的对等理论，被合并企业股东不能按照公允价值确定合并企业股权（以下简称新股）的计税基础。依据财税[2009]59号文件规定，应按其原持有的被合并企业股权的计税基础确定新股计税基础。具体而言，在不涉及非股权支付的情况下，新股计税基础应为旧股原计税基础；在涉及非股权支付的情况下，新股计税基础应根据旧股原计税基础调整确定。至于如何调整，财税[2009]59号文件未明确具体调整方法，笔者结合实际工作总结了两种调整方法。
第一，依据所得税对等理论确定新股计税基础。按照财税[2009]59号文件规定，被合并企业股东应确定非股权支付对应的旧股转让所得或损失，按照所得税对等理论，以减少旧股为代价取得新股及非股权支付的计税基础之和应为旧股的原计税基础加上确认的非股权支付对应的旧股转让所得或损失，即新股计税基础+非股权支付计税基础＝旧股原计税基础+非股权支付对应的旧股转让所得或损失，据此即可推算出新股的计税基础（非股权支付的计税基础应按公允价值确定）。
第二，利用分解理论确定新股计税基础。在涉及非股权支付的情况下，可将被合并企业股东减少的旧股分为两部分，一部分用于换取新股；另一部分用于转让，且取得的非股权支付视为转让旧股取得的经济利益。依据财税[2009]59号文件规定，旧股用于换取新股的部分不确认其转让所得或损失，因此新股计税基础应为此部分旧股的原计税基础。确定新股计税基础的关键在于如何将旧股原计税基础分解为用于换取新股和用于转让两部分。可设旧股中用于转让部分的原计税基础为X，则有：旧股公允价值/旧股原计税基础＝非股权支付/X，解得X，则旧股中用于换取新股部分的原计税基础=旧股原计税基础－X，此部分金额即为新股的计税基础。