1.金融机构贷款利息收入逾期90天冲减收入的企业所得税问题。
根据新《企业所得税法实施条例》第十八条规定，利息收入应按照合同约定的债务人应付利息的日期确认收入的实现。新《企业所得税法》实施后，《国家税务总局关于金融保险企业所得税有关业务问题的通知》（国税函〔2002〕960号）第一条规定已失效。即以下两条有关“金融企业贷款利息收入的所得税处理”失效：金融企业发放的贷款，应按期计算利息并计入当期应纳税所得额。发放的贷款逾期（含展期，下同）90天尚未收回的，此前（含90天）发生的应收未收利息应按规定计入当期应纳税所得额；此后发生的应收未收利息不计入当期应纳税所得额，待实际收回时再计入当期应纳税所得额。
金融企业已经计入应纳税所得额或已按规定缴纳企业所得税的应收未收利息，如逾期90天（不含90天）仍未收回的，准予冲减当期的应纳税所得额。
因此，金融机构对2008年度贷款利息收入逾期90天冲减收入的，要进行纳税调整。
2.保障成品油市场供应财政补贴的涉税处理。
为保障成品油市场供应，国家对中国石油天然气集团公司所属企业进口原油、成品油和加工原油进行财政补贴。进口成品油企业包括中国石油天然气股份有限公司华东销售分公司、华南销售分公司、东北销售分公司、西北销售分公司。对于为保障成品油市场供应而给予的财政补贴应根据《财政部国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2008〕151号）、《财政部国家税务总局关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》（财税〔2009〕87号）的规定，重点复核上述财政补贴是否符合不征税收入条件和补贴资金使用情况。不符合条件的补贴收入应作为当期收入征税；符合条件的不征税收入，其用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除，用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
3.企业职工报销私家车燃油费的企业所得税处理。
2008年1月1日（不含）以前，根据《国家税务总局关于企事业单位公务用车制度改革后相关费用税前扣除问题的批复》（国税函〔2007〕305号）规定，企事业单位公务用车制度改革后，在规定的标准内，为员工报销的油料费、过路费、停车费、洗车费、修理费和保险费等相关费用以及以现金或实物形式发放的交通补贴，均属于企事业单位的工资、薪金支出，应一律计入企事业单位的工资总额，按照现行的计税工资标准进行税前扣除。
另外，根据《财政部国家税务总局关于调整企业所得税工资支出税前扣除政策的通知》（财税〔2006〕126号）的规定，2007年12月12日以前，企业计税工资要受月人均1600元的限制，由于企业员工人均月工资普遍超过1600元，在实际计算缴纳所得税时，企业实行车改后为员工报销的燃油费基本上会因为超过限额，而被作为工资部分的应纳税所得额调增回来补税，企业实际上享受不到扣除减免。
例如，2007年某企业当年有员工100人，人均月工资2000元，全年发放2000×12×100÷10000＝240（万元），人均月报销燃油费200元，全年发放200×12×100÷10000＝24（万元），当年工资总额为264万元，工资允许税前扣除限额1600×12×100÷10000＝192（万元），在申报所得税时调增应纳税所得额72万元，可以看出企业给予报销的24万元燃油费都并入应税所得缴纳了所得税。
2008年1月1日（含）以后，根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号）规定，企业为员工报销的燃油费，应作为职工交通补贴在职工福利费中扣除。
这对于福利费使用不足的企业而言显然是利好，只要企业实际支出的职工福利费不超过工资、薪金总额的14%，而且按规定用途使用，都可以在税前扣除。
例如，2009年某企业当年有员工100人，人均月工资2000元，全年工资总额2000×12×100÷10000＝240（万元），人均月报销燃油费200元，全年发放200×12×100÷10000＝24（万元），当年已支出职工福利费8万元，全年职工福利费合计32万元＜福利费扣除限额240×14%＝33.6（万元），可以全部扣除。当然了，如果企业当年支出职工福利费已经较大，如发生15万元了，那当年的职工福利费就达到39万元，超标的39－33.6＝5.4（万元）在申报企业所得税时就需要做应纳税所得额调整了。
4.对中华人民共和国境内的保险企业将其承保的以境内标的物为保险业务向境外再保险人办理分保的业务，支付给境外保险的分保保费收入扣缴企业所得税问题。
根据中华人民共和国主席令第63号《中华人民共和国企业所得税法》第三条第三款和第三十七条、原《外商投资企业和外国企业所得税法》第三条和第十九条规定以及相关国家的税收协定规定，对在中国境内未设立机构场所境外保险企业，以境内标的物为保险业务，取得保费收入，应扣缴预提所得税。
5.金融机构贷款转为股权，计提坏账准备金税前扣除的问题。
对于金融机构发放给公司的贷款，因企业到期未能还本形成的呆滞贷款，经国有资产管理委员会批复，将贷款转为该公司的股权，因未构成实质性的呆账，对金融机构已提取的坏账准备金应冲回，不得税前扣除。
6.企业为职工购买人身意外险的企业所得税前扣除问题。
根据《国家税务总局关于印发〈企业所得税税前扣除办法〉的通知》（国税发〔2000〕84号）第四十九条及新《企业所得税法实施条例》第三十六条规定，除企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费和国务院财政、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险费（如为从事高危工种职工投保的工伤保险、为因公出差的职工按次投保的航空意外险）外，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得在企业所得税前扣除。
7.2008年工资税前扣除方式改变的前后税收衔接问题。
根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号）第一条规定，工资薪金按实际发放为原则。如果企业将2007年度计提并已进行税前扣除的工资，在2008年度实际发放时再次进行税前扣除，应进行纳税调整。基于此规定，如果企业在2009年度还是预提的话，在2009年度没有实际发放的则要进行纳税调整。
8.金融保险企业开展的以业务销售附带赠送实物的行为，根据企业所得税法规定，属于企业广告费和业务宣传费支出，可以按规定比例税前扣除。
9.企业与其他企业或个人共用水、电，无法取得水、电发票的，应以双方的租用合同、电力和供水公司出具给出租方的原始水、电发票或复印件、经双方确认的用水、电量分割单等凭证，据实进行税前扣除。
10.企业向退休人员发放补助的税前扣除问题。
根据新企业所得税法实施条例第三十四条、《国家税务总局关于印发〈企业所得税税前扣除办法〉的通知》（国税发〔2000〕84号）第十八条规定，企业向退休人员发放的补助不得税前扣除。退休人员取得的上述补助应按规定扣缴个人所得税。
11.金融企业向职工提供优惠利率贷款的企业所得税问题。
根据《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第十五条规定，金融企业给职工的优惠利率贷款，应按金融企业当月市场同类贷款利率取得的利息收入，进行企业所得税纳税调整。
12.企业因解除劳动关系向职工支付的经济补偿、生活补助的税前扣除问题。
企业因解除劳动关系向职工支付的经济补偿、生活补助等支出，应根据《财政部国家税务总局关于企业收取和交纳的各种价内外基金（资金、附加）和收费征免企业所得税等几个政策问题的通知》（财税字〔1997〕022号）第三条规定，按劳动部关于《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》规定支付给职工的经济补偿金，可在企业所得税税前扣除。
13.2009年，企业自查调增的应纳税所得额可以弥补以前年度亏损，调减的应纳税所得额，若有多缴所得税的暂不办理退税，抵减以后年度应纳税额。