国家税务总局《关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。国税函[2009]617号文件还规定，增值税一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票，应在第一条规定的期限内，按照国家税务总局《关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）第二十八条及相关规定办理。
国税发[2006]156号文件第二十八条规定，一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查。如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
如果增值税专用发票的开具已经超过180天，购买方可以凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，但不能抵扣进项税额。如果销售方先开具发票，则根据《增值税暂行条例》第十九条的规定，增值税纳税义务发生时间为开具发票的当天，销售方应依法申报缴纳相应的增值税。企业之间的经济纠纷超出税务部门的管理权限，可依法向人民法院提起诉讼。