财政补助收入是指事业单位按核定的预算和经费领报关系从财政部门取得的各类事业经费。
财政补助收入和财政的支付方式有关系。总体上我国实行国库集中收付制度，有两种支付方式：财政直接支付；财政授权支付。对于没有实行国库集中收付制度的单位，采用传统的支付方式：财政实拨资金。
1.财政直接支付
一般是大额的、重要的、经常性的支出，比如工资支出、工程采购支出、物品和服务采购支出等。财政直接支付是财政部门直接将款项支付给收款单位，不支付给事业单位。预算单位应于收到财政国库支付执行机构委托代理银行转来的“财政直接支付入账通知书”时，按入账通知书中标明的金额确认收入。
账务处理：
财政直接支付方式下，支付时直接借记有关支出，贷记“财政补助收入”科目。
对于由财政直接支付的工资，事业单位的会计处理是，借记“事业支出”科目，贷记“财政补助收入”科目。
对于由财政直接支付的购买材料、服务的款项，事业单位的会计处理是，借记“材料”等科目，贷记“财政补助收入”科目。
对于由财政直接支付的购置固定资产的款项，事业单位的会计处理是，借记“事业支出”科目，贷记“财政补助收入”科目；同时，借记“固定资产”科目，贷记“固定基金”科目。
2.财政授权支付
此种方式下有个待结算账户：零余额账户用款额度。财政授权支付程序适用于未纳入财政直接支付的财政性资金和零星支出。事业单位应于收到零余额账户代理银行盖章的“授权支付到账通知书”时，按到账通知书标明的额度确认收入。
账务处理：
①收到“授权支付到账通知书”后，借记“零余额账户用款额度”（过渡性的待结算账户，相当于企业的银行存款）科目，贷记 “财政补助收入”科目。
②事业单位购买物品、服务等支用额度时，借记“经费支出”或“事业支出”、“材料”等科目，贷记“零余额账户用款额度”科目；
③对于购入固定资产的，借“事业支出”，贷“零余额账户用款额度”，同时，还应借记“固定资产”科目，贷记“固定基金”科目；
④事业单位从零余额账户提取现金时，借记“现金”科目，贷记“零余额账户用款额度”科目。
3.财政实拨资金
财政部门在审核后，将资金直接拨入事业单位的开户银行。
账务处理：
事业单位按收款通知书所列金额，借记“银行存款”等科目，贷记“财政补助收入”科目。
【例】2009年10月9日，某事业单位根据经过批准的部门预算和用款计划，向主管财政申请支付第三季度水费110 000元。10月18日，财政部门经审核后，采用财政直接支付方式为其向自来水公司支付了105 000元。10月23日，该事业单位收到了财政零余额账户代理银行转来的财政支付到账通知书。该事业单位应于10月23日进行账务处理如下：
借：事业支出 105 000
贷：财政补助收入 105 000
【例】2009年3月7日，某科研所根据经过批准的部门预算和用款计划，为开展某项科学研究项目，向主管财政申请财政授权支付用款额度180 000元。4月6日，财政部门经审核后，采用财政授权支付方式下达了170 000元用款额度。4月8日，该科研所收到了财政零余额账户代理银行转来的财政授权支付到账通知书。该科研所应于4月8日，进行账务处理如下：
借：零余额账户用款额度 170 000
贷：财政补助收入 170 000
在财政补助收入总账科目的贷方，作明细登记如下：
项目支出——科学技术——基础研究——专项基础研究
【例】某事业单位尚未实行国库集中收付制度。2009年6月7日，该单位收到开户银行转来的收款通知，收到财政部门拨入的日常事业活动经费25 000元。6月7日，该事业单位应进行账务处理如下：
借：银行存款 25 000
贷：财政补助收入 25 000