根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）文的规定，为保持权益的连续性，对于符合特殊性税务处理的企业重组，股权支付金额不得低于其交易支付总额的85%。 59号文所称股权支付，是指企业重组中购买、换取资产的一方支付的对价中，以本企业或其控股企业的股权、股份作为支付的形式。这里，我们需要注意的是，59号文所称的股权支付包括两种形式，一种是本企业自身的股权，而另一种则是其控股企业的股权，这里“其控股企业的股权”指的是直接持有或控制50%以上本企业股份的企业的股权，也就是其控股母公司的股权。
对于以本企业股权作为支付对价的企业重组行为大家应该能够理解。但是，对于在企业重组中，重组方用其控股母公司的股权作为支付对价进行企业重组应该如何处理大家往往感觉有些困惑。本文的主要目的就是和大家分析一下，对于在企业重组中，涉及以其控股企业股权作为支付对价的企业重组应该如何进行特殊性税务处理。
我们分析了59号文所列举的企业重组中各种形式，其中可能会涉及到以其控股企业股权作为支付对价的企业重组主要包含以下三种形式：企业合并、股权收购以及资产收购。这里，我们假设59号文第五条所列的五个前提条件都能满足，我们分别就这三种形式的企业重组来分析一下以其控股企业股权作为支付对价如何进行特殊性税务处理。
一、企业合并对于企业合并的特殊性税务处理，59号文规定：企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%.我们举一个案例来分析一下：甲公司为一家上市公司，其中甲公司旗下有一家控股90%的服装制造企业A公司。A公司计划吸收合并另一家服装制造企业B公司。在谈判中，B公司的股东不接受A公司以其股权作为支付对价进行吸收合并，而要求A公司以其控股企业甲公司的股权作为支付对价。
上面这个案例就是我们所说的用其控股企业股权作为支付对价的企业重组。在实践中，我们可通过如下三个步骤来实现：
第一步：上市公司甲公司和B公司签订一份股权收购协议，约定以甲公司股份作为支付对价收购B公司股东所持有的B公司100%的股权。
第二步：收购完成后，B公司成为甲公司的全资子公司，即甲公司持有B公司100%的股权。
第三步：A公司和B公司签订一份吸收合并协议，约定以A公司的股权作为支付对价吸收合并B公司。
我们来分析一下：第一步中，上市公司甲公司和B企业签订了一份股权收购协议，收购B公司100%的股权，且支付对价全部为甲公司的股权。这里，甲作为上市公司可以通过定向增发的途径实现股权收购。根据59号文关于股权支付特殊性税务处理的规定：收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。毫无疑问，第一步的股权收购是符合特殊性税务处理条件的。由于第一步仅仅是一个股权收购，对B公司仅仅是股东发生了变更，并不涉及B公司任何的税务处理问题。因此，我们再来看第三步，即A公司和B公司签订吸收合并的协议。这里，A公司吸收合并B公司，全部以A公司的股份作为支付对价，最后B公司注销，B公司的股东甲公司取得A公司的股权。对于这一份吸收合并协议，由于合并发生时B企业的股东甲公司取得的全部是合并方A公司的股权支付，毫无疑问，这样一份吸收合并协议也是符合特殊性税务处理条件的。
综上所述，我们发现，虽然通过这三步处理，但最终A企业是通过支付自身股权的形式实现了对B企业的吸收合并。因此，特殊性税务处理的核心要件，权益的连续性得到了满足。这里有一个问题可能会引起大家注意：59号文第五条规定，在符合条件的特殊性税务处理中，取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。因此，甲公司通过股权收购取得B公司股权收购后，如果立刻和A公司签订关于B公司的吸收合并协议，似乎不符合该条规定。但是，根据59号文第十条的规定：企业在重组发生前后连续12个月内分步对其资产、股权进行交易，应根据实质重于形式原则将上述交易作为一项企业重组交易进行处理。由于B企业的股东不愿意取得A企业股权作为支付对价，因此只有让A企业控股公司甲企业先通过股权收购形式将B企业的原股东从B企业置换出去才能进行下一步A企业对B企业的吸收合并，因此，这三步交易应该从分步交易原则出发，在实质上应认定为一项企业重组行为。
二、股权收购对于股权收购的特殊性税务处理，59号文规定：收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%.我们同样以上面那个案例为例：这里我们变为A公司需要收购B公司100%的股权，使B公司成为A公司的全资子公司，但B公司的股东要求A公司用其母公司甲公司的股权作为支付对价。
同样，我们仍然可以按如下三个步骤来实现：
第一步：上市公司甲公司和B公司签订一份股权收购协议，约定以甲公司股权作为支付对价收购B公司股东所持有的B公司100%的股权。
第二步：收购完成后，B公司成为甲公司的全资子公司，即甲公司持有B公司100%的股权。
第三步：A公司和B公司签订一份股权收购协议，约定以A公司的股权作为支付对价收购B公司100%的股权。
同样，我们分析过第一步的股权收购协议符合特殊性税务处理的条件。在第三步中，A公司收购B公司100%的股权，且支付对价全部为A公司股权，也符合股权收购的特殊性税务处理的条件。
三、资产收购对于资产收购的特殊性税务处理，59号文规定：受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75%，且受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。仍然用这个案例，这里假设A公司需要收购B公司涉及服装制造的经营性资产，这些资产占B企业全部资产的90%。此时，如果要用A公司控股企业的股权作为支付对价的话，理论上也是需要按如下三个步骤走：
第一步：上市公司甲公司和B公司签订一份股权收购协议，约定以甲公司股权作为支付对价收购B公司股东所持有的B公司100%的股权。
第二步：收购完成后，B公司成为甲公司的全资子公司，即甲公司持有B公司100%的股权。
第三步：A公司和B公司签订一份资产收购协议，约定以A公司的股权作为支付对价收购B公司90%的服装制造资产这里，我们说理论上这样做的原因是，在实际的企业重组中，收购方只愿意采用资产收购而不愿意采用吸收合并或股权收购的主要原因是，考虑到被收购方可能有很多隐性债务的情况，或涉及到被收购方有大量的人员需要安置的情况，收购方为避免因收购而承担被收购方各种隐性的债务，会极力会去避免成为被收购方的股东。
因此，资产收购就成为了经权衡后的最佳重组形式。但是，按照我们上述的三个步骤处理，A企业的控股公司甲公司将不可避免的成为了B公司的控股股东，这是甲公司和A公司都不愿意见到的。
在这种情况下，还有一种方法就是由甲公司和B企业签订资产收购协议，然后A公司再和甲公司签订资产收购协定。这里，除了资产两次过户可能涉及的流转税问题外，由于在A公司和甲公司就其收购的B公司资产签订资产收购协议时，即使A公司全部以其股权作为支付对价，但由于这部分资产不大可能占到甲公司资产的75%，就不符合特殊性税务处理条件，全部的资产增值全部要在这道环节实现，这样就失去了筹划的意义。
因此，在资产收购的企业重组中，一般不会涉及到以控股企业股权作为支付对价的重组形式。