【问题】
我公司是运输性质的企业，运输发票由地税局代开，代开发票时，地税局按照运输费用金额代征我公司的企业所得税，但是我公司的企业所得税应由国税局征管。请问，这种情况是否会导致对我公司的重复征税？
【解答】
国家税务总局《关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（国税函[2006]249号）规定，由国税局负责征收管理企业所得税，但由地税局负责代开货物运输发票并统一代征税款的货物运输业代开票纳税人，其按照法律、法规规定应退的企业所得税，退税事项由主管国税局办理，可直接抵缴该纳税人次年应纳的企业所得税，也可在汇算清缴后办理退税，退税额不超过纳税年度主管国税局对其已征的企业所得税税额；超出部分，由代开货物运输发票的地税局办理退税事项。因此，上述情况不会造成双重征税问题。
也就是说代开票时缴纳的企业所得税算预缴，可以冲减企业自行核算出的应缴。