【问题】
我是一外国企业，持有国内居民企业股权，2008年11月，与另一居民企业签订协议进行股权置换。2009年12月，总局发了国税函[2009]698号《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》，有几个问题不明确，请教如下：
1、置换双方无关联关系，置换时对股权都作了评估，协议作价同评估价有1%左右的差异，请问确定股权转让收入以评估价还是协议作价为准？
2、按698号文件规定，股权成本以美元计算，但置换时价款是以人民币计价的，请问换算为美元时，以哪天的汇率计算？（是协议签订日，还是纳税日或其他）
3、698号文件2009年12月出台，但从2008年1月执行，以前置换时，双方都按成本价转让，无股权转让收益，所以未申报纳税。现在按美元算，将有收益要交所得税，请问现在申报纳税有无滞纳金，如有，如何计算？
【问题】
1、根据《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）文件第三条规定：“股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。”既然股权转让方与受让方无关联关系，其成交价应当是公允的，应当以协议作价为准。
2、国税函[2009]698号文件第四条规定：“在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价或股权成本价。”因此置换时以人民币计价的，应当以合同、协议约定的股权转让之日（如果转让方提前取得股权转让收入的，应为实际取得股权转让收入之日）的人民币兑美元汇率折算为美元计算股权转让所得。
3、根据《税收征收管理法》第五十二条规定：“因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。”又根据《国家税务总局关于2008年度企业所得税纳税申报有关问题的通知》（国税函[2009]286号）文件第二条规定：“对于2009年5月31日后确定的个别政策，如涉及纳税调整需要补退企业所得税的，纳税人可以在2009年12月31日前自行到税务机关补正申报，不加收滞纳金和追究责任。”因此不需要加收滞纳金。