实施城镇职工医疗保险制度，在有效保障企业职工身体健康的同时，也为企业财务管理工作增加了新的内容。笔者认为，企业应加强以下方面的工作：
（一）理解和掌握有关政策法规的相关规定
为了加强企业财务管理，维护企业所有者和职工的合法权益，促进保险业的健康发展，2003年2月财政部发布了《关于企业为职工购买保险有关财务处理问题的通知》（以下简称《通知》）。《通知》对职工医疗保险费用的列支渠道和标准作出了具体规定，同时还明确：职工医疗保险涉及的税收问题，按照国家税收政策的有关规定处理。《财政部国家税务总局关于完善城镇社会保障体系试点中有关所得税政策问题的通知》规定，部分经济效益好的企业为职工建立的补充医疗保险，提取额在工资总额4%以内的部分，准予在缴纳企业所得税前全额扣除。非试点地区企业为职工建立的补充医疗保险，提取额在工资总额4%以内的部分，从职工福利费中列支，福利费不足列支的部分，经同级财政部门核准后列入成本，准予在缴纳企业所得税前全额扣除。《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》第五条规定：企业为全体雇员按国务院或省级人民政府规定的比例或标准缴纳的补充医疗保险，可以在税前扣除；企业为全体雇员按国务院或省级人民政府规定的比例或标准补缴的基本或补充医疗保险，可在补缴当期直接扣除；金额较大的，主管税务机关可要求企业在不低于三年的期间内分期均匀扣除。
以上有关医疗保险的政策法规是企业在计算企业所得税时、涉及医疗保险业务处理所必须遵守的，企业财务人员只有掌握文件所规定的相关内容，才能依法纳税。由于企业日常财务管理工作还涉及个人所得税代扣代缴问题，因此，财务人员除了要掌握企业所得税涉及职工医疗保险的相关规定外，还必须掌握个人所得税涉及职工医疗保险的相关规定。
（二）依照相关会计准则与企业会计制度进行核算
新会计准则自2007年1月1日起在上市公司范围内施行，同时鼓励其他企业执行。基于这一背景，我国目前存在一部分执行新会计准则的企业，一部分执行《企业会计制度》的企业。而职工医疗保险相关业务在上述两类企业核算中也存在一定的差别，应引起财务人员的重视。
按照医疗保险的相关政策和《企业会计制度》的规定进行核算的企业，发生职工医疗保险业务一般应通过“应付福利费”、“应付工资”等科目进行核算。
企业为职工缴纳基本医疗保险的，应由职工福利费列支。会计分录为：借记“应付福利费”，贷记“银行存款”。企业为职工缴纳补充医疗保险的，属于工资总额4%以内的部分，由职工福利费列支，职工福利费不足的部分在成本费用中列支。会计分录为：借记“应付福利费”（工资总额4%以内的部分），同时借记“管理费用”等（职工福利费不足部分），贷记“银行存款”。从职工个人的应发工资中扣缴的社会保险费和作为职工奖励、为职工购买商业保险的，从应付工资中列支。会计分录为：借记“应付工资”，贷记“其他应付款——职工医疗保险”。超过规定比例和标准缴付的有关医疗保险，应将超过部分并入职工个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。会计分录为：借记“应付工资”，贷记“应交税费——应交个人所得税”。
按照新会计准则核算的企业，职工医疗保险已被纳入职工薪酬范围，应该根据《企业会计准则第9号——职工薪酬》和《企业会计准则——应用指南》的规定，通过“应付职工薪酬”科目进行核算。
企业计算职工医疗保险时，应根据职工服务的受益对象将医疗保险计入到相关的资产成本或当期损益。会计分录为：借记“生产成本”、“制造费用”、“在建工程”、“研发支出”、“管理费用”、“销售费用”，贷记“应付职工薪酬—社会保险费”。企业支付医疗保险费时，会计分录为：借记“应付职工薪酬——社会保险费”，贷记“银行存款”，同时贷记“应交税费——应交个人所得税”（超过规定的比例和标准缴付的医疗保险费计征部分）。
有关医疗保险费涉及企业所得税的业务，执行新会计准则的企业与执行《企业会计制度》的企业核算方法基本一样，所不同的是执行《企业会计制度》的企业通过“所得税”科目核算，而执行新会计准则的企业通过“所得税费用”科目进行核算。