在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积
【案例1】某公司投资开发一个房地产项目，转让收入为1150万元(转让收入中含政府部门收取的各种费用50万元)，支付的土地使用权价款110万元，房地产开发成本320万元，实际发生的房地产开发费用100万元，财务费用中的利息支出无法分项目分摊，且无金融机构的证明。
国家规定城建税税率为7%，印花税税率为0.5‰，教育费附加征收率为3%，政府规定允许扣除的房地产开发费用为10%。
请根据以上资料，计算应缴纳的土地增值税。
计算过程如下：
1、取得土地使用权所支付的金额为110万元
2、房地产开发成本为320万元
3、允许扣除的房地产开发费用=(110+320)×10%=43(万元)
注：不能按实际发生的房地产开发费用100万元计入。
4、扣除的税金=1150×5%×(1+7%+3%)=63.25(万元)
注：按财务相关规定，房地产开发企业在转让房地产时缴纳的印花税应列入企业管理费用，故印花税不计入扣除项目。
5、加计扣除=(110+320)×20%=86(万元)
6、允许扣除项目金额合计=110+320+50+43+63.25+86=672.25(万元)
注：如果房价中含有为政府代收的各项费用，则可作为转让房地产所取得的收入计征土地增值税(和营业税)。相应地，在计算扣除项目金额时，代收费用可以扣除(如以上的50万元)，但不得作为加计20%扣除的基数。
7、增值额=1150-672.25=477.75(万元)
8、增值率=477.75÷672.25×100%=71.07%
9、应纳税额=477.75×40%-672.25×5%=157.34(万元)
注：按增值额乘以适用的税率减去扣税项目金额乘以速算扣除系数的简便方法计算，该案例增值额(71.07%)超过扣除项目金额50%，但未超过100%的其土地增值税税额 = 增值额×40% -扣除项目金额×5%。
【案例2】某公司开发销售一房地产项目，取得销售收入1800万元(假定城建税税率为7%，教育费附加征收率为3%)。开发此项目该房地产公司共支付地价款200万元(含相关手续费2万元)，开发成本400万元，贷款利息支出无法准确分摊。已知该地区人民政府确定的费用计提比例为10%。则该房地产开发公司应交纳土地增值税为：
1.收入总额：1800万元
2.扣除项目金额：
(1)支付地价款：200万元
(2)支付开发成本：400万元
(3)扣除开发费用：(200+400)×10%=60(万元)
(4)扣除税金：
1800×5%×(1+7%+3%)=99(万元)
(5)加计扣除费用：
(200+400)×20%=120(万元)
(6)扣除项目总额：
200+400+60+99+120=879(万元)
3.增值额：
1800-879=921(万元)
4.增值比率：
921÷879=105%
因此适用三档税率。
5.应纳税额：
879×50%×30%+879×(100%-50%)×40%+(921-879)×50%=328.65(万元)