为避免所得税对企业重组的负面影响，保证税收的中立性，有关企业重组的所得税政策区分了普通重组与特殊重组。同时符合下列条件的企业重组，认定为特殊重组：
1.具有合理商业目的，不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目标；
2.被收购、合并或分立部分资产或股权符合规定比例，企业法律或经济结构发生实质性或重大改变；
3.法律形式被改变、资本结构被调整、被收购、被合并或分立企业在重组后连续12个月内，不改变原实质经营活动；
4.重组交易对价中涉及的主要是股权支付额，非股权支付额不超过规定比例，同时取得股权的当事方不得在随后的12个月内转让该股权；
5.重组交易当事方涉及境外（包括港澳台地区）纳税人的，除符合前述条件外，还应该确保被重组企业资产及企业股权所隐含增值税收管辖权仍保留在中国境内，并适用不低于重组前税率。
符合上述条件的特殊重组，当事各方应按以下特殊的税收规定进行所得税处理：
1.除与重组交易的非股权补价或货币性补价相对应的资产转让所得或损失应在交易当期确认外，交易各方可暂不确认有关资产的转让所得或损失。
2.非股权补价或货币性补价对应的资产转让所得或损失=（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权补价或货币性补价÷被转让资产的公允价值）。
【例】以整体资产转让为例，A企业将全部资产转让给B公司，B公司向A企业支付B企业股权，以及非股权支付额，完成A企业整体资产转让。A全部资产账面价值8000万元，A公允价值15000万元，B向A支付6250万股本企业股票（面值1元），账面价值6250万元，公允价值14000万元。另外支付非股权支付额1000万元（银行存款200万元，C债券400万元，公允价值800万元）。A将本企业全部资产转让给B。
本例中，股权支付额14000÷支付总额15000＝93%，符合免税改组条件。
A企业转让整体资产所得＝15000－8000＝7000（万元）。由于双方属于免税改组，同时，A企业取得了非股权支付额，应按非股权支付额占改组交易额的比例，确认当期应纳税所得额。
A企业当期应纳税所得＝7000×（1000÷15000）＝466.67（万元）。
A企业换出整体资产和负债后，取得B企业的股权和部分非股权支付额。由于A企业采取免税改组，需将所持有B企业股权及部分非股权支付额进行成本替换（剔除现金对价200万元）。
A账面价值＝8000+466.67＝8466.67（万元）。
A企业换出整体资产和负债后，取得B企业的股权和部分非股权支付额。由于A企业采取免税改组，需将所持有B企业股权及部分非股权支付额按公允价值计算（剔除已是公允价值现金200万元）。
A账面价值＝8000+466.67＝8466.67（万元）；换入B企业股权成本＝8466.67×（14000÷14800）＝8009.01（万元）；换入B企业所持C债券成本＝8466.67×（800÷14800）＝457.65（万元）。
如果A企业完全按案例计算的数据确认应税所得以及换入资产的账面价值，则会计与税法不存在差异。很多企业重组往往按评估价值入账，热衷于确认重组利润，做大资产总额，但不愿缴纳所得税，因此出现会计与税法差异，一方面对当期利润有影响，需要纳税调整；另一方面资产账面价值与计税成本发生差异，需要在资产存续期内逐年调整允许税前扣除的折旧、摊销额。
第1列“账载金额”填报会计核算的账面金额；第2列“税收金额”填报税收规定的收入金额；第3列“调增金额”填报按照税收规定应纳税调整增加的金额；第4列“调减金额”填报按照税收规定应纳税调整减少的金额。