在税收筹划中对企业组织形式的选择上，一般认为，个人独资企业只缴纳个人所得税。而一人公司，公司和股东要分别缴纳企业所得税和个人所得税。所以个人独资企业所得税税负要轻于一人公司税负。但是由于新的企业所得税法实施后，取消了内资企业计税工资限制，这一筹划思路出现了新的变化。
根据《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发[2000]16号）文件决定，从2000年1月1日起，个人独资企业和合伙企业不再缴纳企业所得税，只对投资者个人取得的生产经营所得征收个人所得税。并且新的《中华人民共和国企业所得税法》也明确规定个人独资企业、合伙企业不适用本法。因此，个人独资企业没有独立的法人人格，不是单独的纳税主体，只对其征收个人所得税。
2006年1月实施的新《公司法》使得一人公司法律制度在我国得以首次确立，一人公司是依照《公司法》成立负有有限责任的法人企业，由于一人公司与其股东是两个不同的法律主体，因此，在纳税时将一人公司与其股东分别对待，即对一人公司征收企业所得税，再对股东分得的税后利润征收个人所得税。实行双重征税。
新企业所得税法实施前，内资企业存在着计税工资的限制，在此情况下，因企业所得税的计税工资与个人所得税薪金扣除费用是一致的，其税负分析如下：
如果一人公司年应税所得额在3万元以下，按18％税率缴纳企业所得税，那么其所得税税负率为18％＋（1－18％）×20％＝34.4％
如果年应税所得额在10万元以下，按27％的税率缴纳企业所得税，那么其所得税税负率为27％＋（1－27％）×20％＝41.6％。
如果一人公司应税所得额在10万元以上，那么其所得税税负率为33％＋（1－33％）×20％＝46.4％。
而个人独资企业适用5％~35％的五级超额累进税率征收个人所得税，3万元以下的税率为20％；5万元以上税率仅为35％，并且减除速算扣除数后其税负要低于上述税率。所以个人独资企业所得税税负要轻于一人公司税负。
新的企业所得税法实施后，新税法取消了原对内资企业计税工资的限制，对一人公司投资者的工资可以在税前据实扣除，而根据税法规定，个人独资企业投资者的工资不可以税前扣除，只可以扣除按工资、薪金征税规定计算扣除相应的费用。而根据《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》财税[2008]65号文件规定其费用标准为每年2.4万元，所以，个人独资企业的所得税税负并不一定始终低于一人公司税负。
【案例解析】 某个人独资企业与某一人公司在个人独资企业未扣除投资者费用，一人公司未扣除投资者工资的情况下，年度利润相同为22.4万元，其个人独资企业应缴纳个人所得税（224000－24000）×35％-6750＝63250（元），税负率为63250/224000×100%=28.24%。
一人公司的投资者如果每月发放12000元工资，则其投资者个人年度工资薪金收入应缴纳个人所得税［（12000－2000）×20％－375］×12＝19500（元）
一人公司年度应缴纳企业所得税（224000－12×12000）×20％＝16000（元）
投资者个人分回股利收入应缴纳个人所得税（224000－12×12000－16000）×20％＝12800（元）
个人所得税与企业所得税合计为19500＋16000＋12800＝48300（元）
一人公司所得税税负为48300/224000×100％=21.56％
一人公司的税负比个人独资企业的税负低6.68个百分点。
从上面的例子可以看出，新企业所得税取消了计税工资限制后，由于企业利润情况的变化，个人独资企业的所得税税负并不一定始终低于一人公司税负，并且一人公司以有限责任公司的形式出现，只承担有限责任，风险相对较小；个人独资企业由于要承担无限责任，风险较大。因此，投资者要综合考虑所得税税负及各方面的因素，选择设立适合自身实际情况的企业组织形式，以实现投资效益的最大化。