一、初始计量会计与税务处理差异
企业会计准则对长期股权投资的初始计量视取得投资方式有所区别，应当分别企业合并和非企业合并两种情况确定。
（一）非企业合并取得的长期股权投资
CAS 2规定，长期股权投资在取得时，应按初始投资成本入账；《企业所得税实施条例》（以下简称《条例》）规定，通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本。可见，以支付现金方式取得的长期股权投资的计税基础与初始成本一致。长期股权投资初始计量方面的差异主要体现在：以非现金资产交换方式取得的长期股权投资成本的确定。
会计处理：《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》（CAS 7）规定，以非现金资产交换方式取得的长期股权投资的成本，应区分公允价值计量和成本模式两种情况确定。其中，在公允价值模式下，初始投资成本应以换出资产的公允价值为基础确定；如果有确凿证据表明换入资产的公允价值比换出资产的公允价值更加可靠。则以换人资产的公允价值为基础确定。在成本模式下，初始投资成本应当以换出资产账面价值为基础确定换人资产成本。
税务处理：《条例》规定，通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。理论上非现金资产交换是一种等价交换，公允价值不相等的通过补价解决，因此在公允价值模式下，长期股权投资的计税基础与初始成本一致：而在成本模式下，长期股权投资的计税基础是以换出资产的公允价值为基础确定，其初始投资成本是以换出资产的账面价值为基础确定，因而其计税基础与初始投资成本不同，产生暂时性差异。
另外，财税[2009]59号，企业股权收购、资产收购重组交易的税务处理，应区分不同条件分别适用一般性和特殊性税务处理规定：其一是特殊性税务处理，如果企业重组同时符合特殊性重组规定的五个条件，企业取得的股权或资产的计税基础，可以选择以被收购股权或被转让资产的原有计税基础确定，此时股权投资的计税基础与企业采用成本模式确定的投资成本一致。其二是适用一般性税务处理，如果企业重组不能同时满足特殊重组规定的条件，此时收购方确定的股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定，投资的计税基础与企业采用公允价值模式计量确定的投资成本一致。特殊性重组条件：
（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的；
（2）被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合规定的比例；
（3）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质经营活动；
（4）重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定的比例；
（5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
其中，（2）和（4）所称符合规定的比例是指：股权收购交易中，被收购股权比例不低于被收购全部股权的75％，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85％；资产收购交易中，受让企业收购的资产不低于转让企业全部资产的75％，且受让企业在该资产收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85％。可见，企业重组形成的长期股权投资，税务处理中区分特殊性和一般性重组，会计处理中区分公允价值计量和成本模式。因此，在公允价值模式下，如果符合特殊性重组规定的条件，则长期股权投资的计税基础与初始成本不同，产生暂时性差异；年末汇算清缴时，对于会计处理中已确认的股权、资产转让所得和损失应进行纳税调整。在成本模式下，如果不符合特殊性重组规定的条件，则长期股权投资的计税基础与初始成本也不同，产生暂时性差异；年末汇算清缴时，对于会计处理中尚未确认的股权、资产转让所得和损失应进行纳税调整。
（二）企业合并形成的长期股权投资
企业合并应分别同一控制下控股合并与非同一控制下控股合并两种情形，确定长期股权投资的初始投资成本。
（1）同一控制下控股合并取得的长期股权投资。会计处理：《企业会计准则第2号——长期股权投资》规定，同一控制下的企业合并，应当在合并日按照取得被合并方所有者权益账面价值的份额作为长期股权投资投资成本，发生的直接相关税费计入“管理费用”。若合并前被合并方与合并方采用的会计政策不同的，应当按照合并方的会计政策对被合并方资产、负债的账面价值进行调整，在此基础上确定长期股权投资的初始投资成本。税务处理：《条例》规定，企业长期股权投资的计税基础，应当以为取得该项投资所付出的全部代价确定。企业实际发生的咨询费、评估费等在发生的当期据实申报扣除。因此，同一控制下的企业合并的初始投资成本与计税基础的差异，主要体现在被合并方合并时所有者权益账而价值的份额与实际付出代价之间的差异。
（2）非同一控制下的控股合并取得的长期股权投资。会汁处理：《企业会计准则第20号——企业合并》规定，非同一控制下的企业合并，购买方应当按照确定的企业合并成本作为长期股权投资的初始投资成本。其中，合并成本包括购买方为进行企业合并支付的现金或非现金资产、发行或承担的债务、发行的权益性证券等在购买日的公允价值以及企业合并中发生的各项直接费用。税务处理：所得税的处理方法不区分同一控制下与非同一控制下取得的长期股权投资。企业合并中实际发生的各项直接相关费用，会计处理中计入投资成本，而税法规定在发生的当期据实申报扣除。因此长期股权投资的计税基础与初始投资成本之间的差异，主要是企业合并时发生的各项直接相关费用。当然，如果企业合并满足特殊性重组条件，则还包括企业合并成本与合并时原持有的股权的计税基础之间的差异。
二、后续计量会计与税务处理差异
长期股权投资在持有期间，根据投资企业对被投资单位的影响程度以及是否存在活跃市场、公允价值能否可靠取得等进行划分，应当分别采用成本法或权益法进行核算。但不论企业采用哪种方法核算，都不会改变所得税的处理方法。
（一）长期股权投资采用成本法核算
成本法适用范围：企业持有的能够对被投资单位实施控制的长期股权投资以及投资企业对被投资单位不具有共同控制或重大影响，且在活跃市场中没有报价、公允价值不能可靠计量的长期股权投资。
（1）被投资单位宣告分派现金股利或利润。会计处理：《企业会计准则解释第3号》（财会[2009]8号，以下简称“解释3号”）。采用成本法核算的长期股权投资，投资企业取得被投资单位宣告发放的现金股利或利润，除取得投资时实际支付的价款或对价中包含的已宣告但尚未发放的现金股利或利润外，投资企业应当按照享有被投资单位宣告发放的现金股利或利润确认投资收益，不再划分是否属于投资前和投资后被投资单位实现的净利润。而是一律计入当期“投资收益”科目，这与税法确认收入的时间一致。税务处理：《条例》规定，股息、红利等权益性投资收益，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，按照被投资方作出利润分配决定的日期确认收入的实现。居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益，为免税收入，但不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。为此，居民企业之间的直接投资取得的投资收益，属于免税收入，因此年末汇算清缴时需作纳税调减处理。
（2）被投资单位宣告派发股票股利。会计处理：对于股票股利，不管企业采用成本法核算还是权益法核算，投资企业均不做账务处理，只需在除权日备查登记增加的股数，以反映股数的变化。税务处理：《条例》第十三条规定，企业以非货币形式取得的收入，应当依照公允价值确定收入额，其中，公允价值是指按照市场价格确定的价值。如果不属于免税收入，则年末汇算清缴时需作纳税调增处理。
（3）期末长期股权投资发生减值。会计处理：企业应当在会计期末判断资产是否存在减值迹象，如果发生减值损失，不论企业采用成本法核算还是权益法核算，均应计提减值准备并计入当期损益。长期股权投资减值准备一经计提不得转回，处置该投资时，相应结转减值准备。税务处理：《条例》规定，未经核定的各项资产减值准备、风险准备等准备金支出不得税前扣除。但国税发[2009]57号涉及了股权投资持有期间发生的静态损失的处理。规定企业的股权投资符合下列条件之一的，减除可收回金额后确认的无法收回的股权投资，可以作为股权投资损失在计算应纳税所得额时扣除：被投资方依法宣告破产、关闭、解散、被撤销，或者被依法注销、吊销营业执照的；被投资方财务状况严重恶化，累计发生巨额亏损，已连续停止经营3年以上，且无重新恢复经营改组计划的；对被投资方不具有控制权，投资期限届满或者投资期限已超过10年，且被投资单位因连续3年经营亏损导致资不抵债的；被投资方财务状况严重恶化，累计发生巨额亏损，已完成清算或清算期超过3年以上的；国务院财政、税务主管部门规定的其他条件。这样，企业由于以上原因发生的减值，经税务机关审批后，可以税前扣除，从而减少了会计与税务处理的差异。
（4）处置长期股权投资。会计处理：处置长期股权投资时，应结转与所售股权相对应的长期股权投资的账面价值，出售所得价款与处置长期股权投资账面价值之间的差额，不论收益或损失，均应确认为处置损益。税务处理：转让或者处置投资资产所得价款与投资资产的计税基础之间的差额，为股权转让所得（或损失）。由于会计上的账面价值与计税基础可能不一致，导致长期股权投资处置损益与股权转让所得（或损失）金额相应存在差异，产生暂时性差异的一次性转回，因此年末汇算清缴时需认真分析。对于企业实际发生的股权转让损失，国税发[2009]88号文件规定，经税务机关批准，可以在当年一次申报扣除。即企业发生的股权转让损失的会计处理与税法规定一致。
（二）长期股权投资采用权益法核算
适用范围：投资企业对被投资单位具有共同控制或重大影响的长期股权投资，即对合营企业及联营企业的投资，应当采用权益法核算。
（1）初始投资成本调整。会计处理：CAS 2规定，长期股权投资的初始投资成本大于投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值的份额，两者之间的差额不要求对长期股权投资的成本进行调整；初始投资成本小于取得投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，两者之间的差额计入当期营业外敢人，同时调整增加长期股权投资的账面价值。税务处理：企业为取得该项投资实际发生的代价为该投资的计税基础。初始投资成本小于取得投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的产生的营业外收入，不征收企业所得税，年末汇算清缴时应作纳税调减处理。
（2）确认投资收益。会计处理：投资企业取得长期股权投资后，应当按照应享有或应分担的被投资单位实现净损益的份额，调整长期股权投资的账面价值，并确认为当期投资损益。被投资方宣告分配现金股利或利润时，相应的冲减投资成本，不确认投资收益。投资单位确认被投资单位的净亏损，应当以长期股权投资的账面价值以及其他实质上构成对被投资单位净投资的长期权益减记至零为限，投资企业负有承担额外损失义务的除外。税务处理：《条例》规定，被投资方实现的利润由被投资方缴纳企业所得税，其税后利润投资方不确认所得；被投资方发生的会计亏损，应由被投资方用以后年度的留存收益弥补，被投资方发生的税务亏损，应由被投资方用以后年度实现的应纳税所得额弥补，弥补期不得超过5年。被投资方宣告分配股利或利润时，投资方按照应享有的份额确认股息所得。这样，在会计处理上，期末被投资单位实现净损益时确认投资收益；而在税务处理上，则只有当被投资方宣告分配时，投资方才确认股息所得。因此，年末汇算清缴时，一方而应将会计上确认的投资收益进行纳税调减；另一方面要区分股息所得是否属于免税收入，属于应税收入的部分应作纳税调增。
（3）投资企业对于被投资单位除净损益以外所有者权益的其他变动。会计处理：投资企业对于被投资单位除净损益以外所有者权益的其他变动，在持股比例不变的情况下，按照持股比例计算应享有或承担的部分，调整长期股权投资的账面价值，同时增加或减少资本公积（其他资本公积）。税务处理：被投资企业其他权益变动不确认损失或所得，只有在处置时，才确认损失或所得。由于其他权益变动直接计入所有者权益，不影响会计利润，因此不需作纳税调整。
长期股权投资发生减值以及转让或处置，其会计与税务处理可参见成本法核算，长期股权投资处置时，会计上还应结转原计入资本公积中的相关金额，确认为当期损益。