我国企业所得税法虽然明确对来源于境外的所得已在境外缴纳的所得税，可以用税收抵免法的直接抵免和间接抵免两种具体方式来消除重复征税，但对于间接抵免的层次问题及具体操作办法并未明确。2009年12月25日，财政部、国家税务总局下发了《关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号，以下简称《通知》），对企业境外所得的税收抵免问题进行了重新梳理和部分补充。本文对《通知》中有关间接抵免的内容加以解读，井举例说明。
一、间接抵免的主体
《通知》第六条规定，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，按照企业所得税法实施条例第八十条规定，由居民企业直接或者间接持有20%以上股份的外国企业，限于符合以下持股方式的三层外国企业：第一层：单一居民企业直接持有20%以上股份的外国企业；第二层：单一第一层外国企业直接持有20%以上股份，且由单一居民企业直接持有或通过一个或多个符合本条规定持股条件的外国企业间接持有总和达到20%以上股份的外国企业；第三层：单一第二层外国企业直接持有20%以上股份，且由单一居民企业直接持有或通过一个或多个符合本条规定持股条件的外国企业间接持有总和达到20%以上股份的外国企业。
解读：首先，理解间接抵免的范围。根据《通知》的规定最多只有三个层次可享受间接抵免。第一层很好理解，是指直接投资，也就是子公司层面。第二层就是所谓的“多层抵免”，即间接抵免不仅适用于母公司从其子公司取得的股息，也适用于母公司从其子公司所属的孙公司取得的股息，即适用于从多层子公司取得的股息，第三层以此类推。每一层都要计算认可的境外税收缴纳数额和间接抵免所应缴纳的税收数额。需要注意的是，这里的股份采用连乘法计算，而非会计上对股份公司的间接股份判断采用的相加方法。例如，我国母公司拥有某国子公司50%的股份，子公司又拥有孙公司45%的股份。在这多层控股公司中，每一层均拥有下一层20%以上的股份，母公司与子公司属直接控制；母公司与孙公司属间接控制，持股比例为22．5%（50%×45%），符合我国规定的持股比例，可实行间接抵免。若子公司只拥有孙公司25%的股份，虽然母公司与孙公司也属间接控制，但持股比例为12．5%（50%×25%），不符合我国规定的持股比例，因此不能实行间接抵免。
二、间接抵免的计算
《通知》第五条规定，居民企业在按照企业所得税法第二十四条规定用境外所得间接负担的税额进行税收抵免时，其取得的境外投资收益实际间接负担的税额，是指根据直接或者间接持股方式合计持股20%以上（含20%，下同）的规定层级的外国企业股份，由此应分得的股息、红利等权益性投资收益中，从最低一层外国企业起逐层计算的属于由上一层企业负担的税额，其计算公式如下：本层企业所纳税额属于由一家上一层企业负担的税额＝（本层企业就利润和投资收益所实际缴纳的税额＋符合《通知》规定的由本层企业间接负担的税额）×本层企业向一家上一层企业分配的股息（红利）÷本层企业所得税后利润额。
实际上，上述公式计算的是本层企业分回的利润中在下层企业已经交过的税。
（一）一层间接抵免
计算的步骤如下：
首先，计算母公司来自于国外子公司的所得。即将母公司分得的子公司的税后股息还原成税前所得额（假定外国子公司适用比例税率），计算公式为：母公司来自子公司的所得＝母公司股息÷（1－子公司所得税率）。
其次，计算母公司按本国税法应承担的所得税。计算公式为：母公司按本国税法应承担所得税＝母公司来自子公司的所得×母公司所得税率。
再次，确定抵免限额，计算公式为：抵免限额＝直接抵免数＋间接抵免数；间接抵免数＝（子公司实际缴纳的税额+符合条件的由子公司间接负担的税额）×子公司向母公司分配的股息（红利）÷子公司税后净利。
按公式中“抵免限额”与“母公司按本国税法应承担所得税”两个项目金额孰小原则确定实际抵免限额，境外税额少于抵免限额的，只能抵免在境外实际缴纳的税额，其差额为应在国内缴纳的税额；境外税额超过税收抵免限额的，其超过部分当期不得抵扣，也不得列为费用支出，但可以结转用以后年度有税收抵免限额的余额抵免，期限不得超过5年。
最后，计算母公司实缴本国所得税。如果境外税额少于实际抵免额，只能抵免在境外实际缴纳的税额。因此，母公司实缴本国所得税＝母公司按本国税法应承担所得税－抵免限额。
例：我国某公司拥有设在某外国子公司50%的股份。子公司在相同纳税年度获利200万元，所得税税率为15%，预提税税率为10%；母公司在本国获利100万元，所得税税率为25%.子公司缴纳该国公司所得税30万元（200×15%）后从其税后利润170万元中按股权比重分给母公司股息85万元，并在子公司所在国征收所得税8．5万元（85×10%）。
母公司来自于国外子公司的所得＝85÷（1－15%）＝100（万元）
母公司按本国税法应承担所得税＝100×25%＝25（万元）
直接抵免额＝85×10%＝8.5（万元）
间接抵免额＝30×85÷170＝15（万元）
抵免限额＝直接抵免额＋间接抵免额＝85＋15＝23.5（万元）
按公式中“抵免限额”与“母公司应承担的子公司所得税（含直接及间接缴纳数）”两个项目金额孰小原则确定实际抵免限额为23．5万元。
母公司实缴本国所得税＝25－23．5＝1.5（万元），即母公司应向我国政府补缴1.5万元所得税。
（二）多层间接抵免
多层间接抵免适用于我国母公司与其国外子公司以下的孙公司之间的外国税收抵免，即适用于解决子公司及其以下一层外国附属公司的股息已承担的外国政府所得税的“国际重复征税”问题。多层间接抵免的方法可以在一层间接抵免法的基础上类推，只是计算步骤要复杂些。计算时需要注意顺序，从最底层的上一层公司所分摊的股息开始，依次向上计算所承担的公司所得税，在不超过抵免限额的条件下，可允许母公司从其应缴我国政府的所得税中进行扣除，否则应按限额扣除。