企业采用汇总纳税方式，主要有以下几方面的优势：
第一，成员企业之间的盈利和亏损可以互相抵补，即集团内一家企业的损失可抵消其他企业的利润，企业总体上就可以利用时间性差异递延纳税时间，获取一定的税收利益，这相当于税务机关提供了一笔无息贷款，有助于企业发展。
第二，税法规定在税前列支有限额的费用（如业务招待费、广告费、业务宣传费）可以在整个集团内部调剂使用，从而使整个集团的税收负担更趋合理。
汇总纳税的风险：
第一，由于税法和会计制度存在一定差异（新会计准则颁布实施后，差异愈加明显），加之各地区税务机关在理解及执行政策尺度、口径上可能存在一定的差异，汇总纳税企业在开展汇算清缴工作时会有一定难度。此外，汇总纳税在技术处理上比较复杂，需要辅之以先进的内部监控审核手段，对所有涉税流程进行严格规范，对企业的实际纳税操作提出了更高的要求，有可能增加相关成本。
第二，新的汇总纳税办法的实施带来的风险。
我国的汇总（合并）纳税政策起源于1994年，对经国务院批准或按国务院规定条件批准，实行汇总（合并）缴纳企业所得税的企业集团总分公司的汇总纳税和母子公司的合并纳税，实行层层申报、逐级汇总、属地监管的税收管理模式，无论是总分体制的各级分公司，还是母子体制的各级子公司，均作为“成员企业”在当地申报并接受当地税务机关的监管和检查；新税法法人所得税制的实施，判定所得税纳税人的标准由原来能够“独立核算企业”变为现在的“法人企业”。这一标准的变化，使汇总纳税企业的纳税方式发生了改变。新税法按法人纳税后，母子体制的公司分别纳税，跨地区经营的汇总纳税企业只管理到二级分支机构，分支机构只在属地按分配表预缴税款而不再进行汇算清缴，这种体制变化的结果是几乎在一夜之间，全国就取消了数十万计的二级以下分支机构的“所得税纳税人”，而伴随这几十万纳税人同时取消的，还有对这些“成员企业”的失于监管。因此，其中之风险可想而知。