尽管“营改增”后大多数企业税负有所下降，但在一些特定情形下，仍然可能出现税负增加的情况。笔者研究发现，有4个原因将会导致一般纳税人企业税负增加。
一、进项税抵扣不足税负将增
如果“营改增”纳税人在某一段时期内可抵扣进项税额较小，那么该时期企业税负可能加重
“营改增”前，缴纳营业税的纳税人进项税额不能抵扣，而“营改增”后，进项税额可以得到抵扣。只要进项税额达到一定数量，“营改增”纳税人的税负就不会上升。现实中，受多种因素影响，特别是企业生产经营周期的影响，如果“营改增”纳税人在某一段时期内可抵扣进项税额较小，那么该时期企业税负可能加重。
比如，会计师事务所主要成本构成中固定成本和人工成本较高，如工资薪金、房屋租金、业务信息费、交通食宿费等，而这些成本比重较大，因而不能产生进项税，其成本可抵扣的项目比重过低，仅有办公用品、电脑设备、水电费、设备维修等费用可供抵扣。
再如，运输业在试点过程中，部分企业的税负不降反升，其原因是因为增值税尚未实现全覆盖，企业没有足够的由相关企业开出的增值税发票来抵扣的结果。由于主营业务是长途运输，燃油和路桥费是除了购买设备之外主要的进项税来源。而全国各地只有很少的收费站或加油站能够开出符合抵扣要求的增值税发票。高速公路系统没有纳入“营改增”的体系，给企业在发票抵扣方面带来了很大的困扰。
还有就是物流公司，在物流企业的成本构成中，30%-40%是油费、30%-40%是路桥费，20%的人力成本。但是按照现在上海的试点方案，交通运输企业的人力成本、路桥费、房屋租金、保险费等主要成本均不在抵扣范围，而可以抵扣的燃油、修理费等费用在总成本中所占比重不足40%.因此，如果一家物流企业未来几年或更长时间没有大额资产购置情况，其实际可抵扣的税就会很少。
二、上下游抵扣链断裂税负将增
没有足够的进项税增值税发票来抵扣销项税，必然造成企业税负的增加
在此前上海和北京的试点中，由于建筑行业争议比较大，其原因也和“进项税额抵扣难”情况有关。
中国建设会计学会近日对60余家建筑企业进行调研后指出，“营改增”之后，3%的营业税改为11%的增值税，理论上这11%的增值税是可以抵扣的，但有些企业反映实际税负有可能增加90%以上。
该学会表示：理论测算容易脱离实际，建筑施工企业需要购买的砖、瓦、灰、沙、石等材料，很多都由农民和个体户经营，而且季节性很强，货主要求现场现金交易，也不可能提供增值税专用发票。
此外，小规模纳税人按3%征收，建筑施工企业涉及的上游企业小规模纳税人很多，他们不能提供增值税专用发票。建筑企业很多采购难以取得增值税发票，这样就没有足够的进项税增值税发票来抵扣销项税，必然造成企业税负的增加。
三、得不到原有营业税优惠幅度税负将增
原营业税差额征收优惠幅度更大，相比而言，增值税税率更高，这也会使企业税负增加
“营改增”后，原有的营业税优惠政策将如何过渡也会影响到企业的税负高低。
目前，中央已经明确，国家给予试点行业的原营业税优惠政策可以延续，但对于通过改革能够解决重复征税问题的，予以取消。原营业税差额征收优惠幅度更大，相比较而言，增值税税率更高，也更难合理规避。这也是“营改增”企业税负增加的原因。因为营业税和增值税的计税依据不同，因此两者是不能作简单的数字比较的。营业税优惠政策究竟该如何连续？税务机关如果从严控制，一些企业可能失去享受优惠政策的机会。
国家试点政策规定，国家给予试点行业的原营业税优惠政策可以延续。试点开始前有很多享受营业税优惠政策的企业，按照规定优惠政策还将延续，但由于增值税优惠的标准和内容与营业税不同，究竟该如何连续？
根据《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点过渡政策的规定》，交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税后，试点企业纳税人属于列举行为的，采取免征增值税办法予以延续：试点企业纳税人属于列举行为的，采取增值税即征即退办法予以延续。
根据财税〔2011〕111号附件3规定，试点地区试点纳税人已经按照有关政策规定享受了营业税税收优惠，在剩余税收优惠政策期限内，符合相关规定的列举行为可享受有关增值税优惠政策。换言之，文件规定未有列举的行为不能享受有关增值税优惠政策。
四、资本有机构成低税负将增
资本有机构成比较低，对生产资料投入较少的企业，增值税税负可能会增加
资本有机构成提高意味着对劳动力投入的需求相对减少，企业生产资料（不变资本）在企业资本投入中所占的比例加大。增值税改革的核心在于抵扣制，随着“营改增”改革的进行，试点企业由营业税纳税人转变为增值税纳税人，对于资本有机构成比较高的企业而言，企业生产资料投入比重加大意味着企业可抵扣的项目增加，企业增值税税负减轻。相反，资本有机构成比较低的企业，增值税税负可能会增加。
由于各行业的资本有机构成各异，征营业税的行业的增值税当量也各异。比如从上海的试点改革情况看，“营改增”后部分物流企业税负不减反增。按规定，运输企业适用11%的增值税税率，由于运输企业的资本有机构成较低，人力成本等税法规定不能抵扣项目的支出约占总成本的35%，实施增值税后，即使企业发生的其他购进项目全部可以取得增值税发票，并进行进项税额抵扣，实际负担率也会增加。
资本有机构成低即人力资源密集型企业税负必增。我们以税务师事务所为例：假设某税务师事务所的年收入为500万元，若按5%的税率缴纳营业税，则为25万元（500×5%）；若按6%的税率缴纳增值税，则销项税金为30万元（500×6%）。至于实际缴纳多少税金，则要看他们取得的进项税金了。若他们取得的进项税金大于5万元，他们的税负减轻；若小于5万，则税负加重。
可以设想一下，一家正常经营的事务所，一不需要购买机器设备，二不需要购买原材料，三不需要购买低值易耗品，不可能取得进项税额，何况一些支出若不能取得增值税专用发票，也不能抵扣的，税负必增无疑。