根据财政部监督检查局刚刚完成的统计显示，2009年全国会计信息质量检查和会计师事务所执业质量检查在检查投入力量和检查户数两项指标均创历史新高。
近几年来，各级财政部门对会计监督检查力量的投入持续增加，参检人员都在万人以上，在2009年的会计监督专项检查中，更是达到了16082人，被各级财政部门检查的企事业单位数量达到16765户、会计师事务所585家，查处违规资金1301亿元，追缴税款12．8亿元。据统计，截至目前，共计处理处罚企事业单位4475户、会计师事务所203家、注册会计师336人。
2009年，地方财政监督部门围绕服务财税改革和规范财政管理，重点对涉及国计民生的能源资源、交通运输、医药卫生等行业开展了检查。同时，通过对行政事业单位的检查，将会计监督与财政资金使用和预算执行情况有效结合，加强了对中小会计师事务所、新设立会计师事务所和被投诉会计师事务所的检查。在检查过程中，地方财政监督部门普遍采取横向结合和上下联动的方式进行组织创新，提高检查效率。一方面，有26个财政厅（局）通过召开联席会议、沟通检查名单、抄送检查结果等方式加强与有关部门的横向联合，形成监管合力；另一方面，有33个财政厅（局）采取省、市、县上下联动的方式开展检查，通过召开布置会、实地巡视、组织座谈、集中汇报、编发简报、考核评比等多种方式对市县财政部门进行指导。
作为财政部的派出机构，各地专员办根据财政部的统一部署调整监督重点，对29家证券资格会计师事务所开展了直接检查，并从企业延伸检查了13家证券资格事务所的执业质量，这被认为是历年来对证券资格事务所检查规模最大、检查户数最多的一次会计监督专项检查。
同时，根据围绕积极财政政策落实的选户原则，各地专员办选取了资源、能源、交通等国民经济关键行业和重点企业开展检查，及时发现了国债专项资金管理不善、烟草行业违规补贴多元化企业、电力建设工程无立项审批和环保评估、欠缴巨额税款和重复享受税收优惠、企业改制侵占国有资产、挪用安全生产费、违规开展海外经营等问题。
而在对上市公司的检查中，发现部分上市公司存在利用新准则、新业务调节利润，以及通过虚构交易和关联交易虚增收入、低价转让股权导致国有资产流失、提前或推迟确认销售收入等违规问题。