审计署目前正在组织对新型农村合作医疗专项基金进行审计调查，以促进我国农村基本医疗保障制度的建立和完善。
新型农村合作医疗制度是一项由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主，兼顾门诊小病的医疗互助共济制度。
我国于2002年提出在全国逐步建立新农合制度，计划于2010年基本覆盖全国农村居民。截至2009年底，全国开展新农合的县（市、区）已达2716个，参合人口8.33亿。
根据新农合部级联席会议要求，审计署从今年5月起，组织9个特派员办事处对安徽、湖北、江苏、辽宁、湖南、四川、福建、河南、黑龙江9省新农合基金筹集、使用、管理和相关配套政策落实情况进行审计调查，每省调查5个县，每县延伸调查2个乡镇卫生院。
这次审计调查的目的是在摸清新型农村合作医疗基金总体规模的基础上，调查新农合政策落实和基金使用情况，反映新农合基金筹集、使用、管理和新农合及相关配套政策落实中存在的突出问题，提出切实有效的改进建议，促进农村基本医疗保障制度的建立和完善。目前，各审计组正在现场开展审计调查，预计相关工作将于今年7月底结束。
截至5月中旬，审计调查表明，新农合制度的全面建立，缓解了农民因病致贫、因病返贫问题，给农民带来了实实在在的好处，促进了农村基层卫生条件的改善和服务质量的提高，也为加快建设覆盖城乡居民的多层次医疗保障体系奠定了基础。
同时，审计调查也发现新农合制度在推行过程中存在不容忽视的问题：医疗救助与新农合制度衔接不够充分，对“五保户”、贫困户救助不到位；存在重复参保、重复报销现象；基本药物零加价政策推行缓慢，乡镇卫生院药品加价率高；新农合信息系统建设普遍落后；经办机构监督管理不到位。