日前，为加强出口退税管理，有效防范和打击骗取出口退税，国家税务总局根据骗取出口退税活动的新特点，制定了《出口货物税收函调管理办法》（国家税务总局公告2010年第11号），自2010年9月1日开始施行。
办法指出，各地对出口企业出口货物的函调发函工作，由主管税务机关的退税部门（下称退税部门）负责，对出口货物供货企业（下称供货企业）的函调复函工作由供货企业所在地的县以上税务机关（下称复函地税务机关）的税源管理部门或相关部门负责。
税务机关内部负责函调工作的职能部门应指定专职或兼职人员负责管理，应对函调工作分别设置相应的起草、复核、签发岗位和权限，并建立岗位监督制约机制。函调中发现涉嫌骗取出口退税的，应将函调中取得的相关资料报请主管局长核签后，移交同级稽查部门查处。稽查部门在接收时应做好审核、签收、登记工作。
出口货物税收函调工作一律使用出口货物税收函调系统（下称函调系统）进行。调查函、复函、延期复函说明等函件，应使用函调系统进行起草、签发和传送，可不邮寄纸质函件。发函地税务机关要求邮寄纸质函件的，复函地税务机关应及时邮寄。
办法明确了核查和发函规程，主管出口退税的税务机关（下称退税机关），对出口企业申报的出口退（免）税有下列情形之一的，应要求出口企业填报《外贸企业出口业务自查表》或《生产企业出口业务自查表》，并分析有关内容：出口业务涉及国家税务总局预警信息，包括国家税务总局预警出口企业、国家税务总局预警供货企业、国家税务总局预警出口商品等。税务系统内部提供涉嫌骗取出口退税线索的。税务系统以外部门提供涉嫌骗取出口退税线索的。出口企业及供货企业均属关注企业，且出口关注商品的。关注企业首次出口关注商品的。出口企业首次从关注企业购进关注商品出口的。有下列情形，且出口企业盖有公章的书面理由不充分的：出口货物换汇成本高于合理上限的。出口关注商品，且关注商品出口数量月度增幅超过20%或出口单价与上次申报相比超过10%。出口关注商品，且关注商品进货单价与上次申报相比超过10%。跨境贸易人民币结算业务经分析异常的。退税机关认为需要调查的其他情况，比如发现供货企业所在地、货物启运地、报关口岸、离境口岸、出口国别、运输方式等内容两项或多项之间明显有悖常理,首次出口非传统商品且属跨大类商品出口企业无充分的盖有公章的书面理由的等。
退税机关经对《外贸企业出口业务自查表》或《生产企业出口业务自查表》分析核查后未发现明显疑点的，可根据审核、审批程序办理出口退税；核查后不能排除明显疑点的，应通过函调系统向出口货物供货企业所在地县以上税务机关发函调查，并依据复函情况按规定进行处理。未收到复函前，对于尚未办理的出口退税，暂不办理。对需要函调的业务，由出口企业所在地县以上税务机关主管局长审批后进行发函调查。
对下列情况可不按办法规定核查，也可不发函调查：函调未发现问题，回函一年内从同一供货企业购进同类商品的出口业务。出口企业从同一供货企业购货，月出口申报退税额不超过10万元的。但出口企业从多家供货企业购进出口业务有第五条所列疑点的除外。口到香港、澳门、台湾、东南亚国家、陆路毗邻国家以及海关特殊监管区域以外的国家和地区（不包括通过上述国家和地区转口），且出口商品不属于价值较高、退税率高、体积较小或重量较轻的商品，也没有将不退税或低退税率货物申报为高退税率货物商品代码疑点的。使用税务机关代开的发票申报出口退税的。进料加工出口业务。核查过程中出口企业自愿放弃并自愿收回出口退（免）税申报的。税务机关在核查过程中疑点特别异常的不受上述条件限制。
负责发函的税务部门应及时通过函调系统查阅复函情况，收到复函后应及时处理，1个月内仍未收到复函或延期复函说明的，可逐级向省国税局反映。省国税局经协调、督促仍未复函的，将有关情况向国家税务总局如实反映。
关于复函规程，办法指出，复函地税务机关应及时通过函调系统查阅待复函情况，在收到出口货物税收函调的调查函后，要求供货企业填报《供货企业自查表》，对《供货企业自查表》内容及综合征管系统中该企业的有关情况分析，并派2位以上税务人员对供货企业进行实地核查。复函地税务机关在对供货企业进行核查时，出口货物属供货企业外购或委托加工的，如认为其外购业务或委托加工业务的真实性存在疑点的，也可通过函调系统向其上游企业发函调查。
供货企业拒绝、逃避或者以其他方式导致税务机关无法正常核查的，复函地税务机关可按税收管理及发票管理规定处理。核查中发现重大税收违法行为的，应将取得相关线索资料报请主管局长核签后，移交同级稽查部门查处。稽查部门在接收时应做好审核、签收、登记工作。
复函地税务机关应在收到调查函后1个月内，根据对供货企业的核查情况，经复函地县以上税务机关分管局领导审批后按照函调系统中的内容及格式复函。如因特殊情况不能按时复函的，应在1个月内向发函单位说明原因及复函的具体时间，延期复函时间一般不得超过3个月。如供货企业核查时正被国家有关部门进行增值税调查，复函地税务机关应在有关部门调查完毕后核查并及时复函。复函地税务机关应根据复函具体内容和情况，对应函调系统中规定的复函类型进行复函。对复函类型为“经调查有疑点尚未核查完毕”的，待核查完毕后，必须再次复函，将处理情况及时函告发函机关。复函后发现有与原复函内容不一致的新情况的，也应及时再次函告发函单位。复函以最后一次内容为准。
办法最后明确了复函的处理规程。退税部门收到复函后，经退税机关负责人审批后按以下方式进行处理：
复函确认供货企业存在下列情况之一的，不得办理出口退税，对已办理出口退税的，应将出口退税款追回。按规定需要征税的，应予征税。需要立案查处的，退税部门应及时按照有关规定，将有关资料移交稽查部门立案查处：供货企业销售该批货物开出的增值税专用发票为虚开发票。供货企业销售货物属自行生产的，其生产设备、工具不能生产该种货物，或该企业不具备该批货物产能的。供货企业销售该批非自产货物的购进业务不真实。供货企业销售该批货物为委托加工产品，其委托加工业务不真实。供货企业被注销或被认定为非正常户后开出增值税专用发票的。供货企业实际销售的货物与增值税专用发票所列货物不一致的，或出口企业从供货企业采购的货物与其实际出口货物不一致的。其他按规定不予办理出口退税的情况。
复函确认供货企业存在下列疑点之一的，暂缓办理出口退税，对已办理出口退税的，应按照该复函所涉及退税额暂扣该企业其他已审核通过的应退税款，无其他应退税款或应退税款小于该复函所涉及退税额，可由出口企业提供差额部分的担保。待复函税务机关再次复函排除相应疑点后，方可办理出口退税：供货企业销售该批货物开出的增值税专用发票为涉嫌虚开发票。供货企业销售该批自产货物，复函的具体情况说明中提出其生产能力存在疑点的。供货企业销售该批非自产货物，复函的具体情况说明中提出其购进业务存在疑点的。供货企业销售的货物为委托加工产品，复函的具体情况说明中提出其委托加工业务存在疑点的。其他按规定或复函机关认为需要进一步核查的情况。
根据复函，结合退税部门对出口企业核查的情况仍存在下列疑点之一的，暂缓办理出口退税，已办理退税的，应按照该复函所涉及退税额暂扣该企业其他已审核通过的应退税款，无其他应退税款或应退税款小于该复函所涉及退税额，可由出口企业提供差额部分的担保。待排除相应疑点后，方可办理出口退税：存在或涉嫌存在《国家税务总局商务部关于进一步规范外贸出口经营秩序切实加强出口货物退（免）税管理的通知》（国税发〔2006〕24号）第二条规定的七种不予办理出口退税情况之一的。供货企业存在将货物发往非购货方地址或非该批出口业务出口口岸，且无盖有公章的书面合理原因的。有关国内进货、出口收汇、付款、国内外运输费用凭证及相关合同不齐全无合理理由或内容及逻辑存在明显疑点的情况。该批出口货物已收汇，但供货企业实际收到货款及税款与应收货款及税款比率低于85%且无盖有公章的书面合理原因的。出口货物非购买方付款占应收款比率15%以上且无盖有公章的书面合理原因的。存在其他暂时无法排除的明显疑点的情况。
复函确认供货企业存在下列疑点之一，退税部门对出口企业核查也存在明显疑点的，暂缓办理出口退税，待复函税务机关再次复函排除相应疑点后，方可办理出口退税：供货企业被认定为非正常户，至复函日止仍欠缴增值税的，或被调查商品为消费税应税货物仍欠消费税税款的，且欠缴税款大于等于应退税款。经税务机关实地核查，供货企业查无下落，导致复函税务机关无法核实有关情况。供货企业被认定为非正常户之前3个月内开具增值税专用发票但该企业未接受核查。
不存在上述所述情况，为正常业务复函。退税机关应根据出口退税审核、审批相关规定办理出口退税。