近年来，审计署驻哈尔滨特派办将审计技术创新作为提升审计工作水平和成果质量的重要举措之一，通过建立健全创新激励制度、加强审计创新理论研究、在审计实践中强化技术创新应用等形式，鼓励和引导审计技术创新，有效地节约了审计资源，提高了工作效率，较好地履行了审计监督职责，取得了初步成效。
一是自主开发创新型审计技术，实现原创性新技术零的突破。2010年，哈尔滨办中央企业审计分析和预警系统课题组开始央企预警分析软件系统研发，实现了自主创新型审计技术零的突破。该系统依托在理论界比较成熟的财务分析模型，集成审计署对中央企业进行审计评价的需求，采用先进的数据挖掘和商业智能技术，将权威的、公认程度高的企业分析及预警方法、模型和工具通过信息技术实现。央企预警分析软件系统的应用将促进中央企业经济责任审计质量和效率的提高。署领导对课题立项报告做了重要批示，署办公厅已正式批复立项，列入金审二期工程专项投资项目。目前该项目已进入实质性研发阶段。
二是应用高端精密设备，解决人力难以完成的难题。在投资审计领域，哈尔滨办应用了高精测量设备“MC-3型核子密度湿度仪”，对肉眼难以判断的土方干密度等工程关键控制指标进行检测，发现某重点堤防工程全线土方施工质量不合格等重大质量问题。该问题被审计署以《审计要情》上报后，得到国务院领导人批示，水利部等部门组成联合调查组对该工程有关问题及相关责任人进行了调查处理。在环保审计领域，哈尔滨办应用GPS全球定位系统确定工程所在地，避免了审计人员在森林、草原环境下迷失方向，难以准确找到工程地点的问题，极大地提高了工作效率。
三是利用多种新技术，节约资源提高效率。在投资审计领域，哈尔滨办运用工程制图技术核查征地拆迁情况，核查出虚报征地拆迁土地范围和数量、征地拆迁实物指标调查不实和计算取费不合理等问题，核减征地拆迁投资数千万元；利用“水利工程设计概算编制辅助系统”核查出某重点水利工程多列工程概算1亿多元，并按照审计署、水利部相关规定进行了处理；运用“工作进度横道图”、“工作分配矩阵”等项目管理技术进行了高效审计管理。在环保审计领域，利用卫星图片监测数据和工程制图技术，揭示了某市擅自将基本农田调整为建设预留地、土地主管部门对一些单位非法占地行为监管缺位、违规向国家明令禁止的别墅类高档房地产项目供地等影响土地资源安全及违规供地的突出问题；利用环境数据分析技术、关键工艺分析技术和管网分析技术等新型审计技术，准确快速地锁定了审计重点，发现官商勾结垄断政府采购等重大违法违纪问题，使相关责任人受到了法律的制裁。