国务院总理温家宝26日主持召开国务院常务会议，会议决定，从2012年1月1日起，在部分地区和行业开展深化增值税制度改革试点，逐步将目前征收营业税的行业改为征收增值税。（一）先在上海市交通运输业和部分现代服务业等开展试点，条件成熟时可选择部分行业在全国范围进行试点。（二）在现行增值税17%标准税率和13%低税率基础上，新增11%和6%两档低税率。(三)试点期间原归属试点地区的营业税收入，改征增值税后收入仍归属试点地区。试点行业原营业税优惠政策可以延续，并根据增值税特点调整。纳入改革试点的纳税人缴纳的增值税可按规定抵扣。
自从，长期困扰运输业的营业税重复纳税问题得到根本上的解决。但是，在问题解决的同时，新的税收征管问题也浮出水面。
运输业税率该多少？
增值税税改扩容后，上海地区的运输业税率该是多少哪？按国务院的规定，增值税税改扩容后增加11%和6%两档税率，可见，运输业的税率不是11%就是6%。考虑到目前，企业取得非试点地区运输企业开具的运输业专业发票可以按7%计算抵扣额，那么，上海地区的运输业税率就应该高于7%，因此，我们可以推论，上海地区运输业的增值税适用税率应该是11%。
汽车、轮船和飞机如何抵扣？
增值税税改扩容后，上海地区的运输业需要缴纳增值税，相应的其获得的进项税可以抵扣。对于运输企业来说，除房地产外，其主要有价值的固定资产就是汽车、轮船和飞机等运输工具，这些运输工具的进项税是否可以抵扣？如何抵扣？
汽车、轮船和飞机等运输工具其价值相对较高，尤其是轮船和飞机，如果允许其一次性抵扣进项税，那么这些运输企业估计几年内都不需要缴纳增值税了。如果平均按一定年限，比如折旧年限来抵扣，那么这些进项税就无法直接纳入防伪税控系统，必须依靠企业的会计系统，或者税务机关单独建立一个税控系统才能很好的控制，这无疑很大的提高了税收征管成本。
考虑到拥有轮船和飞机的运输企业多是大型企业，企业内部控制相对健全，会计核算系统相对严密，依靠企业会计核算系统分次分期抵扣进项税相对容易控制。而拥有汽车的运输企业很多都是相对规模较小，如果单独依靠企业会计核算系统控制分次分期抵扣进项税，则无疑较大提高了对企业会计核算水平的要求；如果建立一套单独的税控系统来控制，则征管成本相对比较高。因此，允许汽车等价值较小的固定资产一次性抵扣，而轮船飞机等价值较大的固定资产分次分期抵扣进项税是个比较合理的选择。
港口和仓储费用抵扣
运输企业在经营业务中必然发生港口和仓储等支出，这部分支出如何抵扣？如果将港口和仓储等经营单位列入现代服务业，其适用税率很可能为6%，而运输企业很可能适用税率为11%，那么其差额5%就是运输企业实际负担的部分理论税负（实际税负可能低于5%，因为运输企业的固定资产和油料等获得的进项税税率是17%）。但是，如果运输企业支付给非试点地区的港口和仓储等单位的支出，因为无法获得进项税，而税负则相对可能提高。
轮船和飞机的保险费
目前看，金融业纳入现代服务业征收增值税的可能性比较低，而对于航运和空运企业来说，运输工具本身的保险费和运输业务的保险费都是比较大的支出，这部分支出无法获得进项税抵扣，对于航运和空运企业来说是个比较大的问题。