行政事业单位建立与实施内部控制的主要原则有以下几个方面：
1.全面性原则
内部控制应当贯穿决策、执行和监督全过程，覆盖企业及其所属单位的各种业务和事项。因为，在内部控制程序的所有环节中，有一个环节没有发挥作用，所有起作用的环节，也会变得无用。
2.重要性原则
内部控制应当在全面控制的基础上，关注重要业务事项和高风险领域。行业、规模、性质、所处地域、组织形式等不同，高风险领域不同。内部控制不能防范所有风险，但要关注重要业务事项和高风险领域，防范颠覆性风险。
3.制衡性原则
内部控制应当在治理结构、机构设置及权责分配、业务流程等方面形成相互制约、相互监督，同时兼顾运营效率。内部控制的核心思想是权力平衡，制约对象是权力，权力分配合理，约束适当是内部控制的难点。内部控制过于复杂会影响效率，风险大的业务，首先是防范风险，其次才是兼顾运营效率。
4.适应性原则
内部控制应当与行政事业单位的规模、竞争状况和风险水平等相适应，并随着情况的变化及时加以调整。内部控制不能拷贝，也不能克隆。别人的成功经验，拿过来不一定能用。行政事业单位发展的不同阶段、外部环境的变化、战略目标的调整等，内部控制要随之变动。
5.成本效益原则
内部控制应当权衡实施成本与预期效益，以适当的成本实现有效控制。
内部控制的设计和运行受制于成本与效益原则。成本小于效益，是任何理性的管理活动都必须遵循的法则。
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