金税工程是国家电子政务“十二金”工程之一，从1994年上半年到2001年上半年，先后经历了一期和二期建设阶段。2005年9月7日，国务院审议通过金税三期工程项目建议书；2007年4月9日，发改委批准金税三期工程可研报告；2008年9月24日，发改委正式批准初步设计方案和中央投资概算，标志金税三期工程正式启动。
金税工程中的重要环节为增值税防伪税控系统，从94年，根据朱总理“先试点，后推广”的指示精神，开始组织力量在辽宁鞍山、江苏镇江和广东珠海三市试点，1996年1月1日起全国凡是开具百万元版增值税专用发票的企业全部安装运行防伪税控系统，2000年1月1日起，所有十万元版以上的增值税专用发票一律通过防伪税控系统开具。截止目前，增值税防伪税控系统已经进入全面的三期推广阶段，全面覆盖增值税一般纳税人，只要开具专用发票就必须通过防伪税控系统开具。可以说增值税防伪税控系统是我国“前无古人，后无来者”的创造发明。
金税三期工程在广东、山东、河南、山西、内蒙古、重庆6个省（市）级国地税局先行试点，然后在全国推广。这项具有重要战略地位的国家级信息系统工程，融合了税收业务变革和技术创新，具有六大创新点： ――运用先进税收管理理念和信息技术做好总体规划
运用流程管理理念规划征管系统，直接使用工作流工具，增强征管系统的适应性，有效支持业务由职能导向转变为流程导向，由结果监督转变为过程监督。
运用税收风险管理理念规划管理决策系统，并与征收管理、行政管理系统进行有效衔接，提高信息应用水平。
运用面向服务的理念、技术整合行政管理系统，把已开发的应用软件以松耦合方式整合到行政管理系统中，实现信息共享。
――统一全国征管数据标准、口径
通过对税收元数据的属性定义，保证数据项标准、口径的唯一性；通过规范数据采集方式和标准，实现涉税信息的“一次采集，系统共享”，并为涉税信息的拓展应用奠定基础。
――实现全国征管数据应用大集中
逐步建立以总局为主、省级为辅的全国征管数据应用大集中模式，在总局进行征管数据的集中处理和存储，并建立第三方信息共享机制，实时、完整、准确地掌握纳税人涉税信息和税务机构、人员情况。
――统一国地税征管应用系统版本
实现全国国地税征管应用系统的版本统一。应用系统将在统一技术基础平台的基础上，增强开放性、灵活性和可动态配置，充分适应国地税的业务管理和技术发展需要。
――统一规范纳税服务系统
通过统一规范总局、省局的纳税服务渠道、功能，建设全国的纳税服务系统，为纳税人和社会公众提供统一、规范的信息服务、办税服务、征纳互动服务。
――建立统一的网络发票系统
通过建设统一的网络发票管理、查询等系统，制定网络发票开具标准和赋码规则等相关制度，及时获取纳税人开具发票信息，与申报信息分析比对，促进税源管理；为纳税人提供发票信息辨伪查询；并逐步实现发票无纸化，最大限度地压缩假发票的制售空间。
根据国家税务总局的统一部署，重庆税务局作为全国地税首家金税三期试点单位将于2013年2月正式上线运行金税三期工程核心征管、个人税收管理、决策支持1包和外部信息交换等软件。
