在国家税务总局2013年开展的药品、医疗器械生产经营单位和医疗机构发票使用情况的专项整治活动中，上海市S区税务局稽查局成功查处一起A医疗有限公司（以下简称A公司）违规作废增值税普通发票的案件，涉案金额近400万元。

　　在核查2010年和2011年H医院采购信息及销售方开票信息时，检查人员发现，供货商A公司每个月开给H医院的发票中都有作废发票，H医院把绝大部分作废发票都已列支成本。是巧合，还是有意为之？检查人员就此展开深入检查。

　　A公司1995年11月注册成立，注册资本50万元，注册类型为私营有限责任公司，主要经营医疗器械产品批发零售，是增值税一般纳税人。该公司年销售收入比较稳定，平均年销售额约200万元，此前未受过税务行政处罚。

　　检查人员到A公司，获得了公司合同、开票数据及其他相关资料。初次询问过程中，A公司法定代表人J某矢口否认存在违规作废发票的情况，称由于医院要求货物和发票同时送达，经常会发生开票金额超过医院部门当月预算额度的情况，因此被要求退票重开。

　　当检查人员试图核对A公司记账凭证及银行日记账时，J某抗拒地表示，这些资料大都已经遗失。于是，检查人员再次来到与A公司业务往来最多的H医院，开展外围调查取证工作。检查人员了解了H医院采购该公司医疗器械的业务流程和付款情况，采集了H医院收受A公司所有发票信息。经查，A公司供货至医院同时开出发票，医院根据发票联金额支付货款，退票重开的情况虽有发生，但比例很小。检查人员将H医院受票信息与A公司开票信息导入数据库，运用技术手段分析比对，整理后的数据显示，H医院已入账列支成本的增值税普通发票中，A公司擅自作废154份，累计不含税金额达255万元。

　　检查人员得知A公司还专门为H医院的货款往来在S银行N支行开立了一般账户，于是按程序申请调阅A公司在S银行N支行银行对账单，并与H医院采购入账信息比对，锁定A公司真实的销售金额。同时，检查人员调查询问A公司业务员，从票、货、款三方面取证固定了相关证据。J某无法再自圆其说，只得承认了违规作废发票的事实。但J某一再强调，H医院为其最大的客户，违规作废发票的情形只存在于对H医院的业务往来中。

　　事实真相是否如此？检查人员整理A公司原始销售记录，并对A公司在S银行另一支行开立的基本账户逐笔核对收入，梳理出全部货物和发票的流向，最终发现，该公司在将医疗器械销往其他医院和外地客户过程中，同样存在违规作废发票的情况。A公司为避免一次性作废发票数量过大或销售额、税负率异常波动引起税务机关怀疑，每个月只作废几份发票，作废发票的日期不固定，发票号码也不连号，但每份发票的金额均在万元以上。经汇总统计，共计211份增值税普通发票在购买方列支成本后被违规作废，累计不含税金额近400万元。

　　根据税法相关规定，税务机关对A公司追缴税款及附加税费、加收滞纳金、处罚款等共计约150万元，同时以涉嫌逃避缴纳税款罪移交司法机关作进一步处理。