1、根据《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号）第四条规定：“按照现行政策规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的（财政部、税务总局另有规定的除外），纳税人自行开具或者税务机关开具增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印”差额征税“字样，发票开具不应与其他应税行为混开。”将全部取得的收入，和扣除额（差额）填入后开具的一张专用发票，税率栏为*，税额为差额扣除后的实缴税金。
2、对于劳务派遣等差额征税，纳税人也可以选择开具一张增值税普通发票和一张增值税专用发票的方式进行开票，此时，开具专用发票不要在税控设备中选“差额征税”方式。差额扣除的部分开具增值税普通发票，扣除后的余额开具增值税专用发票，两张发票税率保持一致。保证两张发票的总销售额（含税）=实际全部取得的收入。
以上两种常用开票方式，无论选择其中哪一种，均要保证增值税的应纳税额和可抵扣的进项税额是一致的。
