（1）扣缴义务人确定问题
对远洋船员与劳务公司签订用工合同，船员的工资由劳务公司和船东分别支付的情形，劳务公司和船东应分别就支付金额代扣代缴个人所得税，远洋船员应将两处取得的工资薪金所得进行合并，自行申报个人所得税。
（2）附加减除费用适用问题
根据《国务院关于修改〈中华人民共和国个人所得税法实施条例〉的决定》(中华人民共和国国务院令第600号)文件规定：“国务院决定对《中华人民共和国个人所得税法实施条例》作如下修改：二、第二十七条修改为：“税法第六条第三款所说的附加减除费用，是指每月在减除3500元费用的基础上，再减除本条例第二十九条规定数额的费用。”三、第二十九条修改为：“税法第六条第三款所说的附加减除费用标准为1300元。”
（3）特殊行业计税办法适用问题
根据《中华人民共和国个人所得税法》第九条第二款及其《实施条例》第四十条，远洋运输业、远洋捕捞业等特定行业人员的工资薪金所得应纳的税款，可以实行按年计算、分月预缴的方式计征。
