根据《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》(国税函〔2010〕156号)规定:“三、建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部,应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税,并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
四、建筑企业总机构应汇总计算企业应纳所得税,按照以下方法进行预缴:
(一)总机构只设跨地区项目部的,扣除已由项目部预缴的企业所得税后,按照其余额就地缴纳;
(二)总机构只设二级分支机构的,按照国税发〔2008〕28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款;
(三)总机构既有直接管理的跨地区项目部,又有跨地区二级分支机构的,先扣除已由项目部预缴的企业所得税后,再按照国税发〔2008〕28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。