为促进公司建立健全激励与约束机制，A股上市公司开展股权激励已是较为常规和成熟的做法。同时，《上市公司股权激励管理办法（证监公司字「2005」151号（试行）》、《国有控股上市公司（境内）实施股权激励试行办法》及关于《中国证监会股权激励有关事项备忘录1-3号》等法律法规、《企业会计准则第11号-股份支付》均为上市公司设计和实施股权激励提供了相应的法律操作指引。
虽然截至目前全国股转系统暂未有具体的股权激励管理办法出台，但根据《全国中小企业股份转让系统业务规则（试行）》（以下简称“《业务规则》”）第4.1.6条：“挂牌公司可以实施股权激励，具体办法另行规定”，已有30家左右（不完全统计）的挂牌企业拟实施或正在实施股权激励计划。
2006年财政部颁发《企业会计准则第11号—股份支付》，规范了股权激励的会计核算问题。国家税务总局2012年5月23日发布了《国家税务总局关于我国居民企业实行股权激励计划有关企业所得税处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第18号），针对我国居民企业建立职工股权激励计划有关企业所得税处理问题，作出明确规定。国家税务总局办公厅2012年05月31日又发布关于《我国居民企业实行股权激励计划有关企业所得税处理问题公告》的解读，在解读中对公告的出台股权激励计划企业所得税处理背景、企业会计准则是如何处理职工股权激励计划的、企业实行职工股权激励计划，会计上认可的费用，企业所得税如何处理等问题进行了详尽说明，并举例说明上市公司建立职工股权激励计划的会计核算和企业所得税处理。但在解读中只分别说明公司建立职工股权激励计划的会计核算和企业所得税处理，对广大财务、税务人员所关心的公司建立职工股权激励计划的会计核算与企业所得税处理的差异如何进行纳税调整，和所得税会计重要问题，并没有涉及。
下面以国家税务总局办公厅关于《我国居民企业实行股权激励计划有关企业所得税处理问题公告》的解读中所举例为基础，并进行修正，来具体说明职工股权激励计划的会计核算与企业所得税处理的差异如何进行纳税调整和所得税会计处理。
2006年财政部在其颁发的新企业会计准则《企业会计准则第11号—股份支付》中，对上市公司建立的职工股权激励计划会计处理是：
1、上市公司授予股权激励时，除了立即可行权的股份支付外，无论权益结算的股份支付或者现金结算的股份支付，企业在授予日都不做会计处理，但必须确定授予股票的公允价格（该价格是采取会计上规定的期权定价模型计算）。
授予后立即可行权的换取职工服务的以权益结算的股份支付，应当在授予日按照权益工具的公允价值计入相关成本或费用，相应增加资本公积。授予后立即可行权的以现金结算的股份支付，应当在授予日以企业承担负债的公允价值计入相关成本或费用，相应增加负债。
2、在等待期间，以权益结算的股份支付，根据上述股票的公允价格及股票数量，计算出总额，作为上市公司换取激励对象服务的代价，并在等待期内平均分摊，作为企业的成本费用，其对应科目为待结转的“其他资本公积”。如果授予时即可行权，可以当期作为企业的成本费用。会计分录为：借：营业成本贷：资本公积—其他资本公积在等待期间以现金结算的股份支付，在等待期内的每个资产负债表日，应当以对可行权情况的最佳估计为基础，按照企业承担负债的公允价值金额，将当期取得的服务计入成本或费用和相应的负债。
3、职工实际行权时，不再调整已确认的成本费用，只根据实际行权情况，确认股本和股本溢价，同时结转等待期内确认的其他资本公积。会计分录为：借：银行存款资本公积—其他资本公积贷：股本资本公积金—股本溢价。
4、如果股权激励计划到期限，职工没有按照规定行权，以前作为上市公司成本费用的，要进行调整，冲回成本和资本公积。
以权益结算的股份支付处理会计税法差异；在会计处理上，以权益结算的股份支付换取职工提供服务的，应当以授予职工权益工具的公允价值计量。授予后立即可行权的换取职工服务的以权益结算的股份支付，应当在授予日按照权益工具的公允价值计入相关成本或费用，相应增加资本公积。
完成等待期内的服务或达到规定业绩条件才可行权的换取职工服务的以权益结算的股份支付，在等待期内的每个资产负债表日，应当以对可行权权益工具数量的最佳估计为基础，按照权益工具授予日的公允价值，将当期取得的服务计入相关成本或费用和资本公积。在资产负债表日，后续信息表明可行权权益工具的数量与以前估计不同的，应当进行调整，并在可行权日调整至实际可行权的权益工具数量。
对于可行权条件为规定服务期间的股份支付，等待期为授予日至可行权日的期间；对于可行权条件为规定业绩的股份支付，应当在授予日根据最可能的业绩结果预计等待期的长度。
企业在可行权日之后不再对已确认的相关成本或费用和所有者权益总额进行调整。以权益结算的股份支付换取其他方服务的，应当分别下列情况处理：第一，其他方服务的公允价值能够可靠计量的，应当按照其他方服务在取得日的公允价值，计入相关成本或费用，相应增加所有者权益。第二，其他方服务的公允价值不能可靠计量但权益工具公允价值能够可靠计量的，应当按照权益工具在服务取得日的公允价值，计入相关成本或费用，相应增加所有者权益。
在行权日，企业根据实际行权的权益工具数量，计算确定应转入实收资本或股本的金额，将其转入实收资本或股本。
在税务处理上，《企业所得税法》及其实施条例尚未明确规定以权益结算的股份支付的内容。从企业所得税原理上讨论，企业以权益结算的股份支付，属于增加资本公积，不得在计算应纳税所得额时确认费用扣除。无论是授予后立即可行权的换取职工服务的以权益结算的股份支付，还是完成等待期内的服务或达到规定业绩条件才可行权的换取职工服务的以权益结算的股份支付，以及以权益结算的股份支付换取其他方服务的，都应进行纳税调整。企业以回购股份形式奖励本企业职工的，也属于权益结算的股份支付。
以现金结算的股份支付处理会计税法差异；在会计处理上，以现金结算的股份支付，应当按照企业承担的以股份或其他权益工具为基础计算确定的负债的公允价值计量。
授予后立即可行权的以现金结算的股份支付，应当在授予日以企业承担负债的公允价值计入相关成本或费用，相应增加负债。完成等待期内的服务或达到规定业绩条件以后才可行权的以现金结算的股份支付，在等待期内的每个资产负债表日，应当以对可行权情况的最佳估计为基础，按照企业承担负债的公允价值金额，将当期取得的服务计入成本或费用和相应的负债。
在资产负债表日，后续信息表明企业当期承担债务的公允价值与以前估计不同的，应当进行调整，并在可行权日调整至实际可行权水平。企业应当在相关负债结算前的每个资产负债表日以及结算日，对负债的公允价值重新计量，其变动计入当期损益。
在税务处理上，《企业所得税法》及其实施条例尚未直接规定以现金结算的股份支付的内容。但根据实施条例第三十四条的规定，企业发生的合理的工资、薪金支出，准予扣除。前款所称工资、薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。从企业所得税原理上讨论，企业以现金结算的股份支付，属于增加应付职工薪酬，即实施条例规定的工资、薪金支出，在计算应纳税所得额时允许在税前扣除。
根据《企业所得税法》第八条规定，由于企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，可以在计算应纳税所得额时扣除，所以税法确定的扣除时点与会计准则不同。按照税法规定，应当在行权时才属于实际发生的费用，一般应在实际行权时确认费用扣除。对按照会计准则在授予后立即可行权的以现金结算的股份支付，在授予日以企业承担负债的公允价值已计入相关成本或费用的，在行权以前应进行纳税调整。对按照会计准则完成等待期内的服务或达到规定业绩条件以后才可行权的以现金结算的股份支付，在等待期内的每个资产负债表日，以对可行权情况的最佳估计为基础，按照企业承担负债的公允价值金额，将当期取得的服务计入成本或费用和相应的负债的，在行权以前也应进行纳税调整。
依据《关于我国居民企业实行股权激励计划有关企业所得税处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第18号），企业建立的职工股权激励计划，其企业所得税的处理，按以下规定执行：
（一）对股权激励计划实行后立即可以行权的，上市公司可以根据实际行权时该股票的公允价格与激励对象实际行权支付价格的差额和数量，计算确定作为当年上市公司工资薪金支出，依照税法规定进行税前扣除。
（二）对股权激励计划实行后，需待一定服务年限或者达到规定业绩条件（以下简称等待期）方可行权的。上市公司等待期内会计上计算确认的相关成本费用，不得在对应年度计算缴纳企业所得税时扣除。在股权激励计划可行权后，上市公司方可根据该股票实际行权时的公允价格与当年激励对象实际行权支付价格的差额及数量，计算确定作为当年上市公司工资薪金支出，依照税法规定进行税前扣除。
