我公司材料购进、出口都通过境外关联公司进行。现税务局针对我公司2003～2012年的关联交易进行调查，现在调查阶段，预计会调整关联交易金额，需补税。关联交易调查调整的金额是分每年进行。

问题1、关联交易调查调整的金额，如果调整当年是亏损的，可否弥补当年亏损？

2、如果弥补亏损后，有盈利，但我公司当年在“两免三减”半优惠年度，是否可适用“两免三减半”优惠政策？

答：《国家税务总局关于印发〈特别纳税调整实施办法（试行）的通知〉》（国税发〔2009〕2号）第一百零七条规定，税务机关根据所得税法及其实施条例的规定，对企业做出特别纳税调整的，应对2008年1月1日以后发生交易补征的企业所得税税款，按日加收利息。

《国家税务总局关于查增应纳税所得额弥补以前年度亏损处理问题的公告》（国家税务总局公告2010年第20号）第一条规定，根据《中华人民共和国企业所得税法》第五条的规定，税务机关对企业以前年度纳税情况进行检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。对检查调增的应纳税所得额应根据其情节，依照《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定进行处理或处罚。

第二条规定，本规定自2010年12月1日开始执行。以前（含2008年度之前）没有处理的事项，按本规定执行。

综合上述规定，税务机关对企业关联交易做出特别纳税调整的，检查时调增的应纳税所得额，凡企业以前年度发生亏损、且该亏损属于企业所得税法规定允许弥补的，应允许调增的应纳税所得额弥补该亏损。但弥补该亏损后仍有余额的，按照企业所得税法规定计算缴纳企业所得税。若企业处于享受“两免三减半”优惠年度，可适用“两免三减半”企业所得税优惠政策。